В соответствии с п. 3 ст. 75 НК РФ пеня начисляется за каждый календарный день просрочки исполнения обязанности по уплате налога или сбора, начиная со следующего за установленным законодательством о налогах и сборах дня уплаты налога или сбора. Пени могут быть уплачены либо одновременно с суммой основного долга либо после уплаты налоговой недоимки.
Пени согласно п.6 ст.75 НК РФ могут быть взысканы принудительно в том же порядке, что и основная сумма налоговой недоимки. Новшеством, введенным в действие с 2007 года, является то, что пени по недоимке взыскиваются в судебном порядке в том случае, когда взыскание налога с налогоплательщика производится в судебном порядке.
В свою очередь судебный порядок взыскания налога в соответствии с п. 2 ст. 45 НК РФ предусмотрен в отношении: организаций, которым открыт лицевой счет; зависимых (дочерних) предприятий (в перечисленных в законе случаях); случаев, связанных с изменением юридической квалификации сделки.
Если же налогоплательщик все-таки уплатил основную сумму долга, но позже установленного законодательством срока, и не уплатил добровольно пени, то начисление пени на сумму пени не производится. Неуплата пени при уплаченной основной сумме налога не образует состава налогового правонарушения.
При рассмотрении дела № КА-А 41/7486-03 ФАС Московского округа (постановление от 24 октября 2003 г.) установил, что ответчик уплатил недостающую сумму налога по уточненной налоговой декларации платежным поручением № 130 от 04.09.2002, а налоговое законодательство не предусматривает взыскания штрафа за неуплату пени.
В соответствии с п.4 ст.69 НК РФ сумма пени, которую должен уплатить должник, указывается налоговым органом в требовании об уплате налогов. Порядок взыскания пеней идентичен порядку взыскания налога, поэтому налоговые органы обязаны соблюдать все правила принудительного взыскания налога (ст. 46-48 НК РФ) и при взыскании пени. Так, ФАС Московского округа в постановлении от 21 октября 2003 г. по делу № КА-А41/6750-03-П было отмечено, что в п. 9 ст. 46 НК РФ порядок взыскания налогов распространен и на взыскание пени. Данный вывод вытекает также из п. 4 ст. 69 Налогового кодекса Российской Федерации, которая непосредственно связана со ст. 70 Налогового кодекса Российской Федерации.