Сложившаяся ситуация – контроль и управление армией, органами государственной безопасности и секретариатом партии – означала угрозу узурпации власти троцкистами.
Стремясь формально закрепить полученные преимущества, Троцкий развернул в партии так называемую профсоюзную дискуссию. С учетом известных тезисов Троцкого об интернационализации революции, фактически означавшие десуверенизацию России и превращение ее в страну «белых негров», которой отводилась лишь жертвенная роль исходного очага всемирного пожара, о которой не следовало беспокоиться, а главным образом, следуя большевистским путем, Пленум ЦК отверг предложения Троцкого и поддержал Сталина. Однако обстановка в целом требовала принятия ответных мер, закрепляющих успех. В. И. Ленин принял ряд ответственных решений: реорганизовать секретариат ЦК – на X съезде партии, ответственным секретарем и одновременно кандидатом в члены Политбюро был избран В. М. Молотов; а в 1922 году была упразднена ВЧК и учреждено ГПУ (Главное политическое управление) в составе Народного комиссариата внутренних дел, находящегося в прямом подчинении председателя Совнаркома республики – В.И.Ленина.
Тогда же продолжилось укрепление роли секретариата ЦК и наделение его дополнительными полномочиями; была введена должность Генерального секретаря ЦК, на которую был избран И. В. Сталин, ставший членом Политбюро и Оргбюро; секретарями ЦК были избраны рекомендованные Сталиным В. М. Молотов и В. В. Куйбышев.
Был создан Совет труда и обороны во главе с В. И. Лениным, стоящий в структурной иерархии выше Реввоенсовета Троцкого.
Позиции ленинцев существенно укрепились. А в 1923 году на очередном пленуме ЦК И. В. Сталин предложил усовершенствовать работу Реввоенсовета, укрепив его кадрово дополнительным включением нескольких членов, и создать при Председателе РВС исполнительный орган.
Троцкий лично опротестовал это предложение в ЦКК (Центральная контрольная комиссия), а поддерживающие его оппозиционеры направили в Политбюро так называемое «Заявление 46-ти» (его подписали И. В. Косиор, В. А. Антонов-Овсеенко и др.). Однако Пленум поддержал предложение И. В. Сталина.
Тогда В. А. Антонов-Овсеенко – начальник Политуправления Красной Армии – призвал политкомиссаров и военных коммунистов не подчиняться решениям ЦК партии. Это уже означало агитацию за мятеж. В ответ Политбюро по предложению И. В. Сталина освободило В. Антонова-Овсеенко от должности начальника ПУ армии, а новым начальником ПУ был назначен А. С. Бубнов. Одновременно был освобожден от должности заместитель председателя РВС и наркомвоенмора Э. М. Склянский и вместо него назначен М. В. Фрунзе. Кроме того, в состав Реввоенсовета были введены А. С. Бубнов, К. Е. Ворошилов, С. М. Буденный – соратники И. В. Сталина. Командующим Московским военным округом вместо троцкиста Муралова был назначен К. Е. Ворошилов.