Много внимания уделялось организации управления ходом экономической реформы. С этой целью в конце 1989 г. Л.И. Абалкин приступил к формированию созданной по решению Съезда народных депутатов Государственной комиссии Совета Министров СССР по экономической реформе. Она была призвана разрабатывать научные основы и принципы управления экономикой в условиях радикальной реформы, осуществлять подготовку предложений по совершенствованию различных элементов хозяйственного механизма, организацию изучения зарубежного опыта. Она должна была также осуществлять координацию деятельности центральных экономических органов по подготовке методических и нормативных актов, необходимых для осуществления экономической реформы. В ее состав вошли академики А. Аганбегян и С. Шаталин, член-корреспондент АН СССР В.Мартынов, крупные специалисты по проблемам управления профессора Р. Евстигнеев, Г. Егиазарян, Б. Мильнер. Разработка концепции радикальной экономической реформы стала главной заботой комиссии и ее председателя.
В результате комиссия такую концепцию разработала. Она стала своеобразным теоретическим прорывом. Именно в ней были заложены все основные идеи, подходы и принципы, которые в последующем легли в основу принимаемых законов, практических шагов правительства. Удалось сформулировать основные черты новой хозяйственной системы, способной обеспечить решение существующих социально-экономических проблем. Эти черты сводились в основном к следующему: многообразие форм собственности, их равноправие и соревнование; зарабатываемость доходов, их распределение в соответствии с вкладом в конечный результат; превращение рынка (в сочетании с государственным регулированием) в главный инструмент координации деятельности участников общественного производства; государственное регулирование экономики на основе гибкого экономического и социального планирования; обеспечение социальной защищенности граждан, как важнейшая задача государства. Был приведен сравнительный анализ возможных вариантов или альтернатив перехода к рыночной экономике. В самой концепции и в докладе содержалась развернутая аргументация в пользу радикально-умеренного варианта.
Эту концепцию Л.И. Абалкин упорно проводил в течение всего отпущенного ему и его коллегам времени для работы в правительстве, несмотря на