Общее руководство работами Николай поручил генералу Клейнмихелю. И, надо сказать, тот со своей задачей справился, как всегда, не без большой пользы для себя.
Через несколько дней вокруг уцелевших от огня кирпичных стен сгоревшего дворца начали ставить строительные леса, через три недели уже воздвигли временную кровлю, и одновременно с этим начали интенсивнейшим образом очищать внутреннее пространство от золы, пепла, мусора и обгоревших трупов.
Преображенец-офицер Дмитрий Гаврилович Колокольцев – очевидец и участник этих событий, писал потом, что в очистке дворца «участвовали все гвардейские полки беспромежуточно, по крайней мере с месяц времени… Находили иных людей, как заживо похороненных, других обезображенными и искалеченными. Множество трупов людей обгорелых и задохшихся от дыма было усмотрено почти по всему дворцу». Справедливости ради надо сказать, что всем родственникам погибших Николай приказал выплатить пенсии.
После того как мусор вывезли, а трупы похоронили, во дворец вошли две тысячи каменщиков, которые и начали возводить стены, колонны, потолки и лестницы. Вскоре на строительство и отделку дворца ежесуточно выходило от шести до восьми тысяч человек. Стены, перекрытия и кровля дворца были возведены необычайно быстро, и без всякого промедления начались внутренние отделочные работы. Главным вопросом было интенсивное и эффективное осушение только что воздвигнутых, совершенно сырых помещений. Для этого поставили десять огромных печей, непрерывно обогреваемых коксом, и двадцать вентиляторов с двойными рукавами, выведенными в форточки. Все это, прогревая помещения, выкачивая сырость и вредные пары от красок, клея и прочих химических веществ, превращало воздух в помещениях в сухой и чистый, поддерживая температуру на уровне + 36 °C.
И все же де Кюстин, талантливый французский литератор и путешественник, побывавший в Зимнем дворце сразу после его второго рождения, писал: «Во время холодов от 25 до 30° шесть тысяч неизвестных мучеников, не заслуживших этого, мучеников невольного послушания, были заключены в залах, натопленных до 30° для скорейшей просушки стен. Таким образом, эти несчастные, входя и выходя из этого жилища великолепия и удовольствия, испытывали разницу в температуре от 50 до 60°. Мне рассказывали, что те из них, которые красили внутри самых натопленных зал, были вынуждены надевать на голову шапки со льдом, чтобы не лишиться чувств в той температуре. Я испытываю неприятное чувство с тех пор, как видел этот дворец после того, как мне сказали, жизней скольких людей он стоил… Новый императорский дворец, вновь отстроенный с такими тратами людей и денег, уже полон насекомых. Можно сказать, что несчастные рабочие, которые гибли, чтобы скорее украсить жилище своего господина, заранее отомстили за свою смерть, привив своих паразитов этим смертоносным стенам; уже несколько комнат дворца закрыты, прежде чем были заняты».