Когда Констанцский собор потребовал от всех пап отречения, Иоанн, сначала давший клятву отречься, бежал под покровительством Фридриха IV Австрийского из города и укрылся во Фрайбурге. В своем послании собору он выдвинул условия, на которых соглашался отказаться от папского сана: сохранение титула постоянного легата в Италии, пенсия в тридцать тысяч золотых флоринов, а также передача в его руки Болоньи, Авиньона и ещё нескольких городов. Участники собора, видя, что все переговоры бессмысленны и что Иоанн добровольно не откажется от сана, решились, наконец, опубликовать постановление о его низложении. В этом постановлении содержалось семьдесят четыре пункта, из которых двадцать не были оглашены – настолько ужасны были злодеяния Бальтазара Коссы. В частности, ему ставились в вину такие преступления, как отравление предыдущего папы Александра V; изнасилование трёхсот монахинь; сексуальная связь с женой своего брата и монахами; растление целой семьи, состоявшей из матери, сына и трех сестер, причем самой старшей из них было всего двенадцать лет; торговля епископскими кафедрами и даже отлучениями; пытки тысяч невинных людей в Болонье и Риме. За все эти злодеяния собор объявлял Иоанна XXIII низложенным и предал светскому суду как «закоренелого грешника, безнравственного негодяя, симониста, поджигателя, изменника, убийцу и растлителя», а император Сигизмунд наложил опалу на его покровителя, который вынужден был выдать осужденного. Иоанн был арестован во Фрайбурге и отказался от своего звания. Освободившись из заключения, он добровольно явился к новому папе Мартину V, который назначил его епископом Тускуланским.
Антипапа Иоанн XXIII умер 22 декабря 1419 года, якобы. Похоронен в баптистерии во Флоренции. Монумент над его захоронением был создан скульпторами Донателло и Микелоццо в 1424—1425 годах.
Его личность была настолько одиозна, что после него почти 550 лет ни один папа не принимал имени Иоанн (до того самое популярное среди понтификов). В 1958 году кардинал Ронкалли, избранный на папский престол, принял опять имя Иоанн XXIII, подчеркнув тем самым, что Бальтазар Косса не был законным папой.
Одиозность Иоанна Крестителя, его бешеная натура подчёркивается всеми историками, без исключения. То, что он рождён не в 1382 году, а, якобы в 1370, пусть тебя, читатель, не смущает (см. приставку ок., которая означает, что точная дата его рождения неизвестна, да и дата «от Рождества Христова» приписана задним числом).