В XIII–XIV веках монгольская империя объединила большую часть Евразии, и Тибет формально был включен в Pax Mongolica. В действительности мало что изменилось. Страна была разделена на 13 основных административных районов, каждый из которых управлялся совместно представителями местной знати и монашеской иерархии. Семья Кхон и глава школы Сакья формально были поставлены Хубилай-ханом править всей страной, но сакьясский иерарх был скорее духовным руководителем, чем активным администратором. К концу XIV века Монгольская империя распалась, и контроль над всем Тибетом захватила местная династия Пагмодру. В то же время жизненные труды ламы Чте Цзонхавы возвестили эпоху духовного ренессанса. Новая эра национальной преданности практике буддизма как главной цели жизни была отмечена введением Цзонхавой в 1409 году праздника Великого моления (Монлам) в Лхасе. Он преподнес церемониальные украшения изображению Будды Шакьямуни (Чжово Римпоче), установленному в центральном храме Лхасы, Чжоканге, чтобы символизировать, что народ понимает это как вечное присутствие Будды. Таким образом, было положено начало традиции, когда весь народ собирался на двухнедельное моление и празднование во время каждого лунного Нового года. Ключи от города вручались настоятелям монастырей, а все мирские дела откладывались. Этот праздник был главным событием для всего Тибета с 1409 и до 1960 года, когда китайские власти запретили его.
В XV–XVI веках инициированное Цзонхавой возрождение изменило духовный, социальный и физический облик Тибета. Строительство монастырей распространялось на все новые и новые области, по мере того как все большее число людей решались посвятить «драгоценную человеческую жизнь, наделенную свободой и возможностью» завершению своей эволюции и достижению просветления. Социальный климат становился все более и более мирным, в связи с тем, что для ополчений воинственных местных вождей оставалось все меньше людей. Один из младших учеников Цзонхавы, Гендун Друбпа, в течение всей своей долгой и деятельной жизни руководил новым орденом Гелуг, проповедуя, создавая книги и строя монастыри. После его смерти в соседней области объявился прекрасный мальчик, объявивший себя Гендуном Друбпой, как только научился говорить. После многих испытаний и волшебных узнаваний община признала его подлинным перевоплощением великого учителя. Его возвели на трон, дали образование, чтобы он также возглавил орден, как и лама Гендун Гьяцо. Его следующий воплощенец, обнаруженный после подобных же чудес, испытаний и демонстраций способностей, Сонам Гьяцо правил орденом в XVI веке, вплоть до своего исторического визита в 1573 году в Монголию, где получил почетный титул «далай-лама» (Учитель-Океан) от монгольского правителя Алтан-хана. Считая двух его предшественников, Сонам Гьяцо стал известен как Третий далай-лама.