Под страхом тюрьмы запрещается паломничество к святым местам, поклонение святым мощам. Священников и епископов запугивают, а нередко и избивают.
Весной 1961 года подстрекаемый властями хулиган нападает на самого Патриарха. «1 апреля сего года, – писал Алексий I, – на праздник Вербное воскресенье в Богоявленском соборе во время моего возвращения в алтарь на ступеньках к алтарю произошло нападение на меня неизвестного злоумышленника, который с криком «ах, патриарх!» бросился на меня с поднятыми руками, чтобы нанести мне удар».
Как рассказывает митрополит Петербургский и Ладожский Иоанн: «Показательно, что, учитывая опыт своих предыдущих неудач, особое внимание богоборцы на этот раз уделили попыткам задушить Церковь ее же собственными руками. Епископов заставляли подписывать «добровольные» отказы от «ненужных» храмов, согласие на закрытие «лишних» приходов и монастырей. Одновременными подачками – спецавтомобиль «Чайка» для обслуживания Патриарха, государственные награды «в связи с юбилеем» – старались погасить в среде священноначалия волну недовольства. Политика «кнута и пряника» – древняя как мир – была вновь использована с тем, чтобы растлить духовенство, изнутри подорвать благодатное церковное единство, взять под контроль настроения верующих, дискредитировать иерархию в глазах простых прихожан».[31]
Хрущев сместил с поста председателя Совета по делам Русской православной церкви Г. Г. Карпова, при котором в военные и послевоенные годы осуществлялось массовое открытие православных приходов, заменив его воинствующим безбожником В. А. Куроедовым. Совет по делам Русской православной церкви был слит с Советом по делам религиозных культов, занимающимся устройством дел инославных конфессий и сект, и получил наименование Совета по делам религий при Совете Министров СССР. Так Русская православная церковь была «уравнена» с разного рода сектами.
Космополитический режим Хрущева под угрозой репрессий вынуждал Русскую церковь принять дискриминационные изменения в «Положении о Русской православной церкви». Согласно им, настоятель вместе с клириками устранялись от участия в приходском собрании и приходском совете. Хозяйственное и финансовое попечение о приходе и храме возлагалось на приходское собрание, составленное из мирян, и приходской совет с председателем – старостой.