Уже в начале 60-х стал ясен порочный характер хрущевских реформ управления народным хозяйством. Раздробленность управления отраслями промышленности нарушила существовавшие ранее хозяйственные связи и единую техническую политику. При решении многих вопросов стали господствовать местнические тенденции. Совнархозы срывали государственные планы поставок оборудования и материалов для других совнархозов, объясняя это местными интересами. Потеряв контроль над собою, совнархозы стали отказываться от производства тех или иных видов продукции, объясняя это также интересами своих регионов.
В связи с этими недостатками, способными разрушить экономику СССР, Хрущев предпринимает попытку подкорректировать свою систему, приняв в 1962 году решение об укрупнении совнархозов и организации отраслевых государственных комитетов при Госплане СССР. Однако исправить положение не удалось. Ухудшение экономического положения вынудило правительство повысить розничные цены и начать закупку зерна за границей.
Политика Хрущева имела опасный для России характер и вела к разрушению государственных основ. Хрущев намеренно и последовательно отказался от начатых еще Сталиным национальных реформ и постарался разрушить все положительное, что было создано его предшественником. Дальнейшее сохранение космополитического режима Хрущева усиливало нерегулируемые процессы, подрывавшие стабильность государства.
В Русском народе к Хрущеву, как правило, относились недоброжелательно и неприязненно, дав ему презрительное прозвище «Хрущ», имевшее смысл вредного жука-паразита. Национально мыслящие русские люди не могли простить ему подрыв национальной идеологии, преследование Православной церкви, варварское отношение к сельскому хозяйству (лишение крестьян приусадебных участков, борьбу с «неперспективными» деревнями, насаждение кукурузы и т. п.), процветание антирусских космополитических элементов в литературе, передачу Крыма.
Весьма характерно, что простой народ быстрее, чем правящие верхи, понял пагубность и вредность хрущевского правления. Страна была наводнена анекдотами, высмеивавшими поведение невежественного правителя. Осознание необходимости смещения Хрущева шло снизу и носило воистину народный характер.
Подорвав стабильность государственной системы, Хрущев старался переложить вину за это только на порочную политику ведомств и научных учреждений. Незадолго до отстранения его от власти Хрущев намеревался «разогнать» Академию наук СССР и провести еще одну реорганизацию – разделение управления всей отрасли сельскохозяйственного производства на главки: по птицам, овцам, коровам (в ЦК по этому поводу шутили: кому достанется «Главгусь», кому – «Главбаран»).