Убежденный, как и многие русские, тогда в том, что «… Большевики кровью в войне смыли свой грех перед Россией», о. Всеволод с семьей, в 1946 г. по благословению владыки Серафима (Соболева) принял советское гражданство.
В составе болгарской делегации в 1948 г. присутствовал на Совещании глав и представителей Автокефальных Православных Церквей в Москве.
Автор хранящихся в Государственном архиве Российской Федерации ряда аналитических записок в Московскую Патриархию о церковной жизни в Болгарии, в том числе по экуменической проблематике.
Распоряжением Совета Министров СССР от 20 ноября 1949 г. за № 18532 – рс ему был разрешен въезд на постоянное место жительства в СССР из Болгарии, и 4 февраля 1950 г. о. Всеволод вернулся с семьей в Россию.
Отпускную грамоту о. Всеволоду с «перечислением его заслуг перед Болгарской Церковью и благословением на дальнейшее его служение Русской Церкви» подписал митрополит Врачанский Паисий, тогда временно возглавлявший Св. Синод.
Через месяц Св. Патриарх Алексий I написал на прошении о. Всеволода: «1950 год, февраля 10. Протоиерей Всеволод Шпиллер с любовью приемлется в клир Православной Русской Церкви и назначается настоятелем Ильинской церкви г. Загорска». Кроме этого, о. Всеволод был определен на преподавательскую работу в Московскую духовную академию и семинарию, а несколько позднее, по утверждении в звании доцента – и. о. инспектора этих учебных заведений.
В 1951 г. последовал уход с преподавательской работы. Некоторое время был настоятелем храма в Новодевичьем монастыре, а 21 сентября 1951 г. в праздник Рождества Пресвятой Богородицы о. Всеволод был назначен настоятелем Николо-Кузнецкого храма, в котором прослужил более 32 лет. Его трудами прежний «вокзальный» приход (неподалеку был Павелецкий вокзал) переменил свой облик. Благодаря пастырскому и проповедническому талантам о. Всеволода, храм стал одним из самых известных и посещаемых интеллигенцией. О. Всеволод взрастил многих из тех, кто встал на путь пастырского служения.
Деятельный и авторитетный участник международных церковных встреч.
Умер в 1984 г. на второй день Рождества, в день Собора Пресвятой Богородицы.
Похоронен на Кузьминском кладбище в Москве.
Имя о. Всеволода, память о нем хранятся его учениками и духовными детьми. Организованная 25–27 мая 1992 г. I Ежегодная богословская конференция Православного Свято-Тихоновского Богословского Института (потом ПСТГУ) проходила под названием «Чтения памяти прот. Всеволода Шпиллера». В последующие годы одно из заседаний указанной конференции Института обязательно посвящается его памяти. Проводятся вечера воспоминаний