Существенным недостатком упрощенной системы налогообложения является то, что большинство налогоплательщиков принудительно исключены из состава налогоплательщиков НДС. Как ни парадоксально, именно это положительное обстоятельство зачастую является аргументом против выбора данной системы налогообложения. У организации, перешедшей на упрощенную систему налогообложения, существует реальная возможность потери части клиентов, применяющих НДС к возмещению. Следовательно, если покупатель работает с НДС, то ему не выгодно работать с контрагентом, применяющим упрощенную систему налогообложения, так как он не имеет возможности предъявить «входной НДС» к зачету из бюджета. Все это снижает конкурентоспособность субъектов малого предпринимательства, применяющих упрощенную систему налогообложения на рынке товаров и услуг, они ограничены зоной сбыта своей продукции.
Для решения этой проблемы необходимо внести изменения в ст.154 Налогового Кодекса РФ для того, чтобы налоговая база по НДС для крупных предприятий, потребляющих продукцию освобожденных от уплаты НДС малых и средних предприятий, определялась не со всей стоимости приобретенной продукции (сырья), а только как разница между ценой реализации и ценой приобретения такой продукции.
Также в качестве недостатка можно рассмотреть установление минимального налога. Проблема заключается в том, что положительные налоги обязательны даже тогда, когда организация несет реальные экономические убытки. Таким образом, дискриминируются частные налогоплательщики, несущие убытки, т.к. они могут быть вытеснены из бизнеса в результате налогообложения.
Правительство установило ставку налога –1 % опасаясь злоупотребления и уклонения от налогообложения. Однако гораздо лучше было бы пересмотреть имеющиеся пробелы, которые не позволили бы не при каких обстоятельствах уклониться от уплаты налога. А установление минимального налога вне зависимости от результата деятельности противоречит смыслу введения объекта налогообложения «доходы за минусом расходов».
Также в качестве стимулирования малого предпринимательства при помощи налогообложения можно использовать введение налоговых каникул (например, в первые два года работы) для новых производственно-инновационных, строительных, «инвалидных» малых предприятий, а также для социального малого предпринимательства (медицинских центров, учебных заведений и т.п.). Это значительно повысит их конкурентоспособность. При этом следует определить, на какие цели могут направляться средства, высвобождающиеся в связи с предоставлением этих льгот.