При сравнении уровня загрязнения сред в различных районах не следует исключать из расследования различия климатических условий, уровень которых измеряется на местах и учитывается при сравнении результатов наблюдений. Влияние патогенных микроорганизмов, паразитов на растения должно быть минимизировано или исключено за счет специальной обработки, если это невозможно, влияние этих факторов должно быть точно оценено. В случае выбора определенного вида растений условия, при которых проводятся наблюдения, должны соответствовать цели исследования. Если известен тип вещества, первым этапом получения адекватных результатов должен быть выбор растения, обладающего особой чувствительностью к этому веществу. Если состав загрязнения не известен, последовательно используют различные виды растений, обладающих специфической чувствительностью к одному из предполагаемых загрязнителей.
Для оценки возможного влияния биотических или абиотических факторов, таких, как вирусы, бактерии, грибы, насекомые, морозы на состояние растений следует проводить параллельные опыты на одном из подвидов индикаторного вида растений, который обладает высокой толерантностью к воздействию загрязняющих веществ.
Контроль – определенный вид функциональной зависимости, отклонение от которой рассматривается как нарушение, например, появление на листьях растений некротических пятен, большой интервал формы и размера – всегда показатель изменения среды, поскольку в норме их быть не должно.
Отклонения характеристик биоиндикатора в нарушенной среде необходимо сравнить с нормой или контролем. В зависимости от ситуации используют разные подходы:
1. Сравнение с характеристиками объекта, находящегося вне зоны воздействия (например, чтобы выявить изменения растительности сообществ при промышленном загрязнении, их сравнивают с сообществами, расположенными вне зоны воздействия этих промышленных предприятий).
2. Сравнение с результатами эксперимента. В лабораторных опытах часть тест – организмов контактирует с загрязненной почвой, водой или воздухом, другая же часть (контроль) контактирует с чистыми субстратами.
Для тестирования воздуха, например, применяют специальные камеры с тест – растениями: через опытные камеры пропускают загрязненный воздух, а через контрольные – отфильтрованный с помощью активированного угля.