Лакатос наполнил новым содержанием принцип фальсификационизма как методологическую основу теории научной рациональности. Согласно этому принципу, рациональность научной деятельности удостоверяется готовностью ученого признать опровергнутой любую научную гипотезу, когда она сталкивается с противоречащим ей опытом (не только признать, но и стремиться к возможным опровержениям собственных гипотез).
Это привело к разработке «утонченного фальсификационизма» или, как чаще называют концепцию Имре Лакатоса, методологии научноисследовательских программ. Рациональное развитие науки представлено в этой концепции как соперничество «концептуальных систем», элементами которых могут выступать не только отдельные понятия и суждения, но и сложные комплексы динамически развивающихся теорий, исследовательских проектов и их взаимосвязей.
В основе этой методологии лежит представление о развитии науки как истории возникновения, функционирования и чередования научноисследовательских программ, представляющих собой непрерывно связанную последовательность научных теорий. Эта последовательность выстраивается вокруг некоторой исходной теории (как правило, фундаментальной), основные идеи, методы и предпосылки которой «усваиваются» интеллектуальной элитой, работающей в данной области научного знания. Такую теорию Лакатос называет «жестким ядром» научноисследовательской программы. Как правило, эти идеи выдвигаются интеллектуальными лидерами науки и усваиваются научным сообществом догматически.
«Жестким» это «ядро» называется потому, что исследователям как бы запрещено что-либо менять в исходной теории, даже если они находят такие «факты», которые вступают в противоречие с этой теорией. Именно так и вели себя астрономы-ньютонианцы в предыдущем примере. Они действовали по предписаниям «негативной эвристики», то есть по правилам рационального поведения ученых в исследовательских ситуациях, согласно которым следует не отбрасывать фундаментальную теорию с обнаружением «контрпримера», а изобретать «вспомогательные гипотезы», которые примиряют теорию с фактами. Эти гипотезы образуют «защитный пояс» вокруг фундаментальной теории, они принимают на себя удары опытных проверок и в зависимости от силы и количества этих ударов могут изменяться, уточняться, или даже полностью заменяться другими гипотезами.