Однако иммунитет не может абсолютно противостоять так называемым аномальным явлениям и фактам – они постепенно подрывают устойчивость парадигмы. Парадигма – это общепринятая в конкретном научном сообществе фундаментальная теория в определенной области знания. (Долгое время роль парадигмы выполняла в астрономии геоцентрическая система Птолемея, в области физики – механика Ньютона, в области математики – геометрия Эвклида). Парадигме принадлежит решающая функция в организации всего процесса научного познания в отдельной науке, вплоть до удовлетворительного решения проблем.
Т. Кун не сводит парадигму лишь какой-либо фундаментальной теории в определенной области знания, а обозначает этим термином всю совокупность убеждений, ценностей, технических средств, входящих в сферу научной деятельности. Помимо этого Кун обозначает термином «парадигма» конкретные решения головоломок, которые выступают в качестве основы для решения не разгаданных ещё головоломок нормальной науки.
Когда число аномалий достигает некоторой интуитивно неприемлемой меры, происходит интенсивный поиск новой парадигмы. После её нахождения происходит обращение ученых в «новую веру», присяга на верность новой фундаментальной теории, рассматриваемой учеными в качестве нового образца постановки и решения проблем в конкретной научной области. Каким же образом появляются новые фундаментальные факты и теории? Согласно Куну, «они создаются непреднамеренно в ходе игры по одному набору правил, но их восприятие требует разработки другого набора правил». [20. С. 77]. Действуя по заданным правилам, ученый непреднамеренно, случайным и побочным образом, наталкивается на такие факты и явления, которые требуют изменения самих этих правил. Переход от старой парадигмы к новой, во многих отношениях несовместимой со старой, это сложный, социально-психологический процесс, где гораздо легче определеннее зафиксировать сам результат, нежели причины, которые привели именно к данному результату.
Конкретизируя представление о парадигме, Кун вводит понятие дисциплинарной матрицы, включающей в себя следующие четыре элемента.
1.) Символические обобщения типа второго закона Ньютона, закона Ома, закона Джоуля-Ленца и т.д.
2.) Концептуальные модели, примерами которых могут служить общие утверждения типа: «Теплота представляет собой кинетическую энергию частей, составляющих тело» или «Все воспринимаемые нами явления существуют благодаря взаимодействию в пустоте качественно однородных атомов».