После смерти в январе 1598 г. царя Федора, в чем многие его современники обвиняют Годунова, династия Рюриковичей прекратила свое существование. Полтора месяца шла ожесточенная борьба за трон между партиями Б. Годунова и Федора Никитича Романова (будущий патриарх Филарет). В ход шло все: интриги, подкуп, угрозы, выдача дворянскому войску жалования за три года вперед и т.п. Несмотря на сопротивление боярской думы, 17 февраля 1598 г. Земский собор, по предложению патриарха Иова, избрал царем Б. Годунова (1598 – 1605 гг.). Выбранный на царство вопреки воле определенной части крупного боярства, Борис, как верный ученик Ивана Грозного, проводил политику экономического и политического ограничения власти крупных феодалов, делая ставку на дворянство и бюрократию.
Борис Годунов освободил дворянские земли от обложения налогом, выделив их в так называемые "белые земли". Им были приняты меры по ужесточению сыска беглых крестьян. Боярам было запрещено выводить крестьян из черных земель для заселения своих вотчин. Эту привилегию оставили лишь дворянам.
Одним из ярких проявлений противостояния боярства и Годунова были события 1600 г. Осенью здоровье Бориса резко ухудшилось, появился призрак вновь освобождавшегося трона. В центре заговора против Годунова встали бояре Романовы. 26 октября 1600 г. царские стрельцы разгромили двор Романовых в Москве, на котором находилось несколько сот их вооруженных сторонников и дворовых людей. Среди последних присутствовал еще никому не известный Юрий Отрепьев.
Поводом для разгрома послужил донос на Александра Никитича Романова, якобы хранившего у себя "колдовские коренья" с целью извести Бориса и всю его семью. Коренья действительно были найдены, и начался самый большой «колдовской» процесс XVII в. Многие из двора Романовых были казнены, сами же бояре попали в опалу.
В критические годы разрухи, голода и внутренних сумятиц в России появилось новое явление – самозванство. Некоторые современные исследователи полагают, что "питательным слоем" для самозванцев был постепенный распад древнерусской соборной ментальности, вызревание индивидуального сознания, выходившего из рабского подчинения коллективному мнению, а также традиционное "мифологическое осмысление мира", основанное на узнавании, отождествлении новых предметов, образов с увиденными ранее.