В конце мая в Москве вспыхнул мятеж, руководимый противниками Годунова, царь Федор и его мать царица Ирина были брошены в застенок, а затем убиты. Опора Годунова – патриарх Иов был заточен в монастырь, патриархом стал Игнатий.
Мятежники признали Лжедмитрия царем. 20 июня 1605 г. он вступил в Москву, а через месяц венчался на царство. Но царствованию его не суждено было быть долгим, хотя он и проявил, по мнению В.О. Ключевского, незаурядные организаторские и другие способности.
Лжедмитрий не торопился выполнять обещания, данные полякам, и потерял их поддержку. Он стал активно опираться на дворянство, раздавая звания и земли, вследствие чего перестал быть "добрым царем" для народа. Самозванец вознамерился стать самодержавным властителем, чем не оправдал надежды боярства на то, что будет марионеткой в его руках. И, наконец, национальные чувства русских людей были поруганы наводнившими Россию поляками, их пренебрежительным отношением ко всему русскому и православному.
В ночь на 17 мая 1606 г. 200 вооруженных дворян во главе с князем Василием Шуйским и братьями Голицыными ворвались в Кремль и, перебив охрану, убили самозванца. Труп его был сожжен, а пепел выстрелен через те ворота, в которые он вошел в Москву, в сторону Польши.
Бояре, зная отношение к себе простого народа и дворян, не решились на созыв Земского собора, а собрав через три дня после гибели Лжедмитрия на Красной площади народ, вывели под руки на Лобное место князя Василия Ивановича Шуйского и выкрикнули его царем (1606 – 1610 гг.).
II период Смутного времени (1606 – 1610 гг.) начался с воцарения Василия Шуйского. Он характеризуется, в первую очередь, третьим моментом Смуты: народная смута. В 1606 – 1607 гг. шла масштабная гражданская война.
Ее наиболее драматичные страницы связаны с именем Ивана Болотникова.
Бывшему холопу князя Телятьевского удалось собрать под свои знамена всех противников старой боярской аристократии и царя Василия. Провозгласив себя воеводой доброго царя Дмитрия, Болотников с июня 1606 г. по октябрь 1607 г. дошел от Путивля до Москвы, пытался взять ее, оборонял Тулу, а после ее падения был ослеплен и утоплен. В советской исторической науке события 1606 – 1607 гг. традиционно рассматривались как антифеодальная крестьянская война под руководством И.Болотникова.