Очаги восстания вспыхивали то здесь, то там, но уничтожить турецкое владычество они не могли, слишком близка была материковая Греция от султанского Константинополя, да и невелика была сила русской эскадры, чтобы удерживать все завоеванные территории, крепости и города.
Главнокомандующий Орлов доносит Екатерине: «Кроме крепостей и больших городов – Триполицы, Коринфа, Потраса, хотя вся Морея и очищена от турок, но силы мои так слабы, что я не надеюсь не только завладеть всею, но и удержать завоеванные места… Лучшее из всего, что можно будет делать, – укрепившись на море… пресечь подвоз провианта в Царьград и делать нападения морскою силою».
Да, попытка поднять всеобщее восстание на Балканах не удалась, но боевые действия моряков-десантников и повстанцев растревожили Порту; с Дуная, где велись основные военные действия, были переброшены в Грецию дополнительные войска. Первая часть замысла Военного совета была осуществлена. Русский флот переходил к выполнению второй своей задачи – борьбе с флотом противника, ударам по путям снабжения турецкой столицы. Да и Орлов на первом этапе отводил ему лишь вспомогательную роль перевозчика пехоты и грузов в Средиземноморье. Пришло время русского флота, время его военной самостоятельности и зрелости.
Подошла и вторая эскадра под командой контр-адмирала Эльфинстона. Недоверие к русским морским командирам в царском дворце еще было – отсюда и появление этого незадачливого, но амбициозного англичанина. Получив «сверх штата» чин контр-адмирала, он с самого начала не хотел вести совместные со Свиридовым действия, надеясь на легкую добычу и славу. Турки же не были слабым противником. Превозмочь их флот можно было только умением, искусным маневром и согласованными усилиями. Алексей Орлов, чувствуя несогласие между командирами эскадр, нежелание Эльфинстона подчиниться более старшему по званию и опыту Спиридову, взял на себя командование обеими эскадрами и поднял на корабле «Три иерарха» флаг главнокомандующего. Начались поиски ускользающего от генерального сражения турецкого флота, с тем чтобы разгромить его, заблокировать Константинополь, воспрепятствовать выходу новых военных кораблей в Черное море, где появились первые корабли русской Азовской флотилии.
На соединенной эскадре собрали сведения от моряков проходивших мимо торговых судов, местных пиратов, лоцманов-греков о местонахождении турецкого флота и, уточнив его маршрут, кинулись в погоню к острову Парос. Там выяснилось, что турки, набрав пресной воды, покинули стоянку. Решено было идти к острову Хиос.