Следует отметить, что профессиональный и моральный уровень прокурорского надзора возрастал по мере увеличения в его рядах лиц, получивших высшее юридическое образование. В середине XIX века прокуратура становится одним из наиболее образованных отрядов русского чиновничества, более половины прокуроров имели специальное юридическое образование, а лица, получившие высшее и среднее образование, составляли 78,8 %. Основная же масса остальных чиновников не имела даже среднего образования.
В результате исторического анализа С. В. Русаков приходит к выводу, что обер-прокуратура в начале XIX века была связана с губернской прокуратурой лишь подчинением Генерал-прокурору.[15] Обер-прокуроры управляли канцелярией сената, о неправомерных действиях чиновников за обер-прокурорским столом и обер-секретарей, заведующих каждый особой экспедицией, обер-прокуроры доносили министру юстиции, остальных чинов за упущения по службе подвергали взысканию собственной властью.[16]
Новый этап в развитии прокурорской системы наступил во второй половине XIX века. 29 сентября 1862 года в Царском Селе император Александр II утвердил «Основные положения», в которых определялись строжайшая подчиненность нижестоящих прокуроров вышестоящим, несменяемость прокуроров, независимость прокуроров от местных влиянии при принятии ими любого решения.[17] «Основные положения» предусматривали учреждение при каждом суде прокурора и при необходимости его товарищей, в соответствии со статьей 48 прокуроры окружных судов и их товарищи утверждались министром юстиции по представлению прокурора судебной палаты; прокуроры судебных палат и их товарищи назначались высочайшей властью по представлению министра юстиции. Верховный надзор за прокуратурой осуществлял Генерал-прокурор – министр юстиции. По его представлению именными указами царя назначались обер-прокуроры Сената.
Составной частью судебной реформы 1864 года стало преобразование прокуратуры. В Учреждениях судебных установлений от 20 ноября 1864 года прокурорскому надзору посвящен раздел третий, озаглавленный «О лицах прокурорского надзора», согласно которому прокуроры учреждались при всех судебных палатах и окружных судах. Обер-прокуроры состояли при кассационных департаментах и общем собрании Правительствующего Сената. Закон подчинял прокурору полицейское дознание, возлагал на него обязанность вести наблюдение за производством предварительного следствия, в котором сочетались руководство действиями судебного следствия и надзор за законностью его действий и решений.