После похода Владимира влияние Византии в Таврике постепенно падает, а Русское государство, напротив, укрепляет свои позиции. По-видимому, тогда к Тмутараканскому княжеству отошли земли в Восточном Крыму, где был расположен город Корчев (от слова «корча» – кузница) – современная Керчь.
Появление в середине XI в. в Северном Причерноморье половцев, а также начавшийся распад Руси способствовали ослаблению связей русских земель с Крымом. Так, после 1094 г. в русских летописях исчезают всякие упоминания о Тмутаракани. Последний раз о ней говорится в знаменитой поэме «Слове о полку Игореве». Однако известно, что русские купцы постоянно бывали в Крыму.
В XIII в. на Крымский полуостров пришли монголы. В 1444 г. вследствие распада Золотой Орды здесь формируется Крымское ханство. В этот же период происходило и становление единого Русского государства. Главнейшей задачей этого государства являлось тогда освобождение от ордынского ига. Против претензий ханов Большой Орды восстановить свою власть над Крымом боролись и крымские ханы. Борьба с Большой Ордой сделала Москву и Крым естественными союзниками. В 1474 г. великий князь московский и всея Руси Иван III и крымский хан Менгли-Гирей заключили союзный договор. Они совместно противостояли Большой Орде и ее главному союзнику – Великому княжеству Литовскому.
Когда в 1480 г. хан Большой Орды Ахмат двинул к границам Руси свое огромное войско, Менгли-Гирей совершил крупный набег на Великое княжество Литовское и страшно опустошил земли вокруг Киева. Великий князь литовский не рискнул оставить свои владения и оказать помощь Ахмату. В итоге полуторамесячных упорных и ожесточенных боев на реке Угре в сентябре – октябре 1480 г. (получивших наименование «Стояние на Угре») Русь свергла ордынское владычество. Этому в весьма значительной мере способствовало Крымское ханство.
Союзные отношения между Крымским ханством и Русским государством сохранялись до начала ХVI в. Совместными усилиями сторон Большая Орда была окончательно уничтожена.
В 1505 г. ушел из жизни Иван III, создатель Российского государства, получивший от современников прозвище Великий. В 1515 г. скончался хан Менгли-Гирей. Н.М. Карамзин писал о нем: «Испытав непостоянство судьбы, умный, добрый Менгли-Гирей хотел взять меры на случай новых превратностей и заблаговременно изготовить себе убежище. Сия печальная мысль расположила его к верному дружеству с Иоанном».