В марте – июле 1840 г. ему пришлось заниматься переброской к берегам Кавказа отряда генерала А.Н. Раевского. В мае Нахимов командовал левым флангом гребных судов при высадке русских десантов в районе Туапсе и ряде других мест. В июле – августе он участвовал в оборудовании Новороссийской бухты, крейсерстве между Анапой и Новороссийском. В этом крейсерстве русским кораблям удалось уничтожить турецкий бриг, доставлявший оружие горцам. В 1841 г. «Силистрия» под командованием Нахимова плавала в Одесу, затем в Новороссийск. В 1842, 1843, 1844 гг. плавания «для практики и эволюции», переброски войск продолжались. Каждое лето в 1840-е гг. Нахимов крейсировал у кавказских берегов, предотвращая контрабандную перевозку оружия для воюющих горцев и вывоз с Кавказа невольников, захваченных турками.
В июле 1844 г. нахимовская «Силистрия» содействовала отражению нападения горцев на форт Головинский на кавказском побережье.
Немалой была заслуга Нахимова и в строительстве Новороссийского порта, где он руководил работами по оборудованию бухты. Почти ежегодно Нахимов занимался перевозкой войск из Одессы в Севастополь или из Севастополя в Одессу.
С годами рос и приобретенный им опыт, что позволило Лазареву доверять Нахимову командование значительными флотскими соединениями. 13 сентября 1845 г. Нахимова производят за отличие по службе в контр-адмиралы. Если прежде он командовал лишь одной «Силистрией», то теперь получает назначение командиром 1-й бригады 4-й флотской дивизии и командует уже отрядом судов, крейсирующих по Черному морю. С 1847 г. он становится вторым флагманом практической эскадры, имея собственный флаг на корабле «Ягудиил».
1852 год становится для Нахимова своеобразным предвестником будущей славы. 30 марта он назначается командующим 5-й флотской дивизией. Штандарт Нахимова развевается уже на линейном корабле, имя которого будет неразрывно связано с героической обороной Севастополя, – «Двенадцать апостолов». 2 октября ему присваивается звание вице-адмирала.
«К этому времени, – говорится в статье Г. Тимченко-Рубана в «Русском биографическом словаре», – вполне установилась военно-морская репутация Нахимова. Умом и волею он был беззаветно предан морскому делу. Убежденный холостяк, человек спартанских привычек, ненавидевший роскошь, он не имел никаких личных интересов, был чужд всякого эгоизма и честолюбия. Простодушный и всегда скромный, Нахимов избегал показной стороны и на службе, и в общественной жизни. Но все, знавшие адмирала, не могли не понимать, какое величие души, какой сильный характер таил он в себе под своим скромным и простодушным видом.