По завершении дискуссии СНК постановил следующее:
«1. Всероссийская комиссия при Совете народных комиссаров учреждается для целей беспощадной борьбы с контрреволюцией, саботажем и спекуляцией.
2. Результаты своей работы она передает в Следственную комиссию при Революционном трибунале или прекращает дело.
3. Работа этой комиссии протекает при ближайшем наблюдении Народных комиссариатов юстиции и внутренних дел, а равно президиума Петроградского Совета. Следственные же комиссии при Революционном трибунале – при ближайшем наблюдении Народного комиссариата юстиции и президиума Петроградского Совета.
…
7. Всякие задержания должны влечь за собой обязательное предание суду или быть прекращаемы…»
И ВЧК, защищая революцию, действовала решительно и беспощадно. Всероссийская стачка, несмотря на все усилия кадетов, поддержку атаманов Дутова, Каледина и примкнувшего к ним генерала Л. Корнилова, организатора неудавшегося августовского (1917 года) военного похода на революционный Петроград, провалилась.
Новая спецслужба во главе с Дзержинским и своим немногочисленным аппаратом, на то время насчитывавшим всего несколько десятков человек, действовала быстро и целеустремленно. В течение недели были арестованы ряд служащих Государственного и частных банков, отказывавшихся выполнять предписания советской власти, и закрыты все оппозиционные издания. В Петрограде и Москве силами подвижных групп чекистов и рабочих отрядов были решительно пресечены массовые грабежи продовольственных складов, магазинов и еврейские погромы.
Комиссия по борьбе с контрреволюцией на глазах набиралась опыта и повышала эффективность в работе. Во многом это было связано с тем, что ее возглавили талантливые и неординарные личности: Дзержинский, Ксенофонтов, Трифонов, Жиделев и другие, имевшие многолетний опыт борьбы с одной из самых сильных спецслужб того времени – царской охранкой. Существенную роль в ее работе играли «сознательные пролетарские массы», добровольно сообщавшие в Комиссию о действиях заговорщиков и саботажников.
Для борьбы с контрреволюцией и шпионажем некоторые сотрудники и руководители ВЧК предлагали наряду с этими добровольными информаторами использовать старое, испытанное прошлой властью оперативное средство – осведомителей и провокаторов. Большинство, в том числе и Дзержинский, были категорически против этого, называя такие действия провокацией и методами царской охранки. По этому поводу между ними развернулась острая дискуссия, и на очередном заседании 18 марта 1918 года члены Комиссии приняли постановление «О недопустимости использования провокаций в работе ВЧК».