Пропрезидентский «Выбор России», в свою очередь, буквально провалил выборы. Наблюдатели до дня голосования полагали, что результат «Выбора России» будет превышать 50% голосов. Были даже прогнозы, что эта партия сможет набрать до 65%. Однако «выбороссы» получили всего 15,5%, или 8,3 миллиона голосов. Всего «Выбору России» удалось провести в Госдуму 64 человека, как и ЛДПР – они гораздо лучше выступили по одномандатным округам, нежели жириновцы, которые могли рассчитывать преимущественно на популярность и харизму своего лидера и не имели, по сути, сильных кандидатов по одномандатным округам. Позже во фракцию вступили еще 14 человек, что позволило сформировать крупнейшую фракцию в Госдуме, но для контроля в нижней палате парламента образца 1993–1995 годов этого явно было недостаточно.
Причины поражения Егор Гайдар описывал следующим образом: «В целом надо признать, конструкция получается на редкость аморфной, лишенной организационной целостности. Конфликты в центре дополняются тяжелыми распрями на местах. Предвыборный штаб вынужден заниматься претензиями кандидатов в депутаты по одному и тому же округу, каждый из которых убежден, что он-то и есть подлинный представитель „Выбора России“. Особенно усложняется ситуация после трагических октябрьских событий 1993 года». Иными словами – слепленный наскоро рыхлый блок, лишенный прямой поддержки президента, при наличии многочисленных конкурентов среди объединений демократической ориентации (ПРЕС Сергея Шахрая, «Яблоко» Явлинского – Болдырева – Лукина, Демпартия России, Российское движение демократических реформ) «Выбор России» не мог претендовать на однозначный успех.
Причина провала «Выбора России» заключалась в первую очередь в отсутствии внятной поддержки со стороны президента Ельцина. «Выбороссы» в результате ассоциировались со спешно теряющим всякую популярность Егором Гайдаром и курсом реформ, а не со все еще популярным президентом, что не могло не сказаться самым печальным образом на их результате. Гайдар несколько раз просил Ельцина поддержать блок и даже добился согласия. «Принципиальный для нас вопрос – позиция Ельцина. „Выбор России“ сформирован как блок людей, поддерживавших и поддерживающих его политику. На деле он и есть наш естественный политический лидер. К концу осени 1993 года за ним еще огромная общественная поддержка. А значит, если на выборы идет четко обозначенный блок Ельцина, то и выбор для избирателей довольно прост и ясен: „за“ или „против“ его политики, начатой в 1991 году. И тогда есть серьезные шансы на успех, возможность заметно укрепить позиции демократов во вновь избранных органах государственной власти. 10 октября вместе с ним летим в Японию, по дороге обсуждаем политическую ситуацию, договариваемся, что 17-го он придет на съезд „Выбора России“», – писал он в своих воспоминаниях.