. Теоретическая деятельность Довнар-Запольского в области белоруссоведения постепенно начала сочетаться с практической его работой по просвещению населения Северо-Западного края (так называли тогда Белоруссию). В начале 90-х годов XIX века он подготовил программу сбора этнографических материалов и привлек к этому делу учителей Минской губернии. Своему другу этнографу Е. А. Ляцкому он говорил, что в научной деятельности надо равняться на таких исследователей, как П. Шафарик, В. Караджич, Н. Костомаров, поскольку они не ограничились «чистой» наукой, применяя полученные знания в области просвещения своих народов.
Вскоре после окончания университета, в 1895 году Довнар-Запольский переехал в Москву, где работал в частных женских гимназиях преподавателем истории и в Московском архиве Министерства юстиции старшим помощником архивариуса по Метрике Литовской. Определилась и тема магистерской диссертации – «Финансовое хозяйство Литовско-Русского государства», которая была защищена осенью 1901 года. Тема исследования была при этом значительно расширена, ибо к защите был представлен выпущенный в том же году труд о государственном хозяйстве Великого княжества Литовского при Ягеллонах17. Главной заслугой ученого стало обращение к истории экономики. Предшественники его в изучении темы (В. Б. Антонович, П. Д. Брянцев, Ф. И. Леонтович), как и современники (М. К. Любавский), освещали преимущественно политические стороны истории княжества. К концептуальным удачам Довнар-Запольского относился и показ преемственности в развитии Великого княжества Литовского и древнерусских княжеств. Вскоре он развил положения магистерской диссертации в докторском исследовании «Очерки по организации западнорусского крестьянства в XVI веке» (Киев, 1905).
В 1896 году он предложил организовать Археографическую комиссию при Московском археологическом обществе. Став затем ее секретарем, он на протяжении пяти лет (до переезда в Киев) фактически руководил деятельностью комиссии, вел переписку с археографами и губернскими комиссиями по выявлению новых документов, издал несколько томов архивных материалов. В 1899–1901 годах Довнар-Запольский вел также занятия в качестве приват-доцента в Московском университете, где читал курс лекций об эпохе Александра I и вел практические занятия по истории народного хозяйства XVII века.