Поступив в Тюбингенскую семинарию, Кеплер перешел к занятию философскими предметами и прилежно изучал геометрию, алгебру и физику. В то же время он не упускал случая приобретать сведения и самостоятельно. Так, по его словам, в 1589 году он купил по случаю «Упражнения в экзотерической (естественной) философии» Юлия Скалигера и почерпнул из этой книги много разных сведений по различным вопросам, как, например: о небе, о духах и гениях, о стихиях, о природе огня, о происхождении источников, о морских приливах и отливах, о фигуре материков и проливов и тому подобном. По окончании курса в семинарии Кеплер как один из лучших студентов оставлен был на казенный счет в качестве стипендиата герцога Вюртембергского в Тюбингенской академии, куда и поступил в 1591 году, имея около 20 лет от роду.
Тюбингенская академия, постепенно преобразовавшаяся впоследствии в университет, была в то время чисто богословскою школою. Правда, чтобы быть богословом, требовалось тогда быть знакомым со всеми науками, обладать энциклопедическим образованием; поэтому в богословских школах того времени преподавали не только нравственную, но и всю естественную философию, от астрономии до медицины включительно, что при незначительном объеме всех тогдашних наук не представляло никакого затруднения. Протестантские училища, конечно, были лучше других; тем не менее, и в них безраздельно господствовала схоластика; вся наука была чисто школьной, не имеющей почти никакого отношения к действительности. По счастью, всегда бывает так, что, как бы тщательно ни затыкали все щели и дыры в храмине схоластики, лучи света обыкновенно проникают и сюда. Так и в ортодоксальной академии в Тюбингене оказался сравнительно свежий и живой человек. Это был Мэстлин, преподававший математику и астрономию и перешедший сюда из либерального Гейдельберга в 1584 году. Мэстлин почти ничем не выдается как ученый, но нужно думать, что он обладал замечательным преподавательским талантом и производил глубокое впечатление на своих слушателей. В этом отношении достаточно сослаться на мнение о нем Кеплера, который не переставал относиться к нему с глубоким уважением всю свою жизнь и считал себя обязанным ему всем. Некоторые приписывают Мэстлину даже честь обращения в Коперниково учение самого Галилея, – будто бы он сделал это во время своего путешествия по Италии. Некто Вейдлер утверждает, что до этого времени Галилей был ярым последователем Аристотеля и Птолемея, но едва ли это справедливо. Если же в этом и была доля правды, то несомненно, что в приверженности к системе Коперника ученик впоследствии далеко превзошел своего учителя, так как Мэстлин в 1588 году публично защищал неподвижность Земли и опровергал мнение Коперника, то есть поступал как раз обратно тому, что делали искренние приверженцы Коперника – Галилей и Кеплер. Но, разумеется, это была одна только политика, и на своих лекциях в академии Мэстлин вовсе не был так труслив.