С августа по декабрь 1940 года дневники Вавилова пронизаны трагедией:
«За эти дни столько перемен и самое страшное несчастье. У брата Николая 7-го на квартире был обыск. Сам он сейчас во Львове. Значит, грянет арест, значит, рушится большая нужная жизнь, его и близких! За что? Всю жизнь неустанная, бешеная работа для родной страны, для народа. Вся жизнь в работе, никаких других увлечений. Неужто это было не видно и не ясно всем? Да что же еще нужно и можно требовать от людей? Это жестокая ошибка и несправедливость. Тем более жестокая, что она хуже смерти. Конец научной работы, ошельмование, разрушение жизни близких. Все это грозит… Хорошо, что мать умерла до этого, и так жаль, что сам не успел умереть. Мучительно все это, невыносимо…
У науки, конечно, только практические цели, и в конце концов бессмысленен спор «об основах».
Руки опускаются. Город с его домами, памятниками, петербургскою красотой кажется гробом повапленным, а люди – мертвецами, еще не успевшими залезть в гробы…
Смотря в стекло на письменном столе, в своем отражении узнаю Николая. Словно привидение. Так это страшно.
В эти жуткие дни я отчетливо ощутил, что старею. До сих пор почти всегда казался себе самому почти мальчишкой.
Старею, чувствую полное ослабление творческих стимулов, беспомощность, бездарность и слабость.
Люди кажутся мало отличимыми от кузнечиков и автомобилей, война не ужаснее обвала и грозы. Сам для себя превращаюсь в предмет неодушевленный. При таких условиях жить – трудная задача.
Постепенно исчезает самолюбие и эгоизм. Безо всякого удивления, безошибочно угадываю и вижу эгоизм окружающих, желание меня «исполосовать», и к этому эгоизму отношусь совершенно снисходительно, как к биологической неизбежности.
Кончается год, который для меня был самым тяжелым до сих пор в жизни. Тяжелый по безысходности, по нелепой безжалостности и по отсутствию сопротивляемости у меня. Развивающийся с каждым месяцем «материалистический объективизм» спасает от отчаяния. На будущее начинаю смотреть так же просто, спокойно и хладнокровно, как «смотрит» камень на пыльной дороге или луна. Окаменение, окостенение – это результат года и самозащита».
Он был убежден, что следом за Николаем арестуют и его. В этом не сомневались и другие, с кем он сталкивался и работал. Но его не трогали. Более того, Сергей Иванович вновь был выдвинут кандидатом в депутаты верховного Совета РСФСР, и из Москвы приехал знаменитый фотокорреспондент, чтобы снять его для газеты.