Как всё начиналось на самом деле, – в полной мере не расскажет никто. Далее приводится одна из версий. Поводом для гражданской войны стало засилье «северян» в столичных управляющих структурах, а «топливом» послужили религия, национальные и патриотические чувства. В начале 1990-х годов существенная территория страны перешла под контроль оппозиции. В этих местах появилось так называемое «самоуправление». Тавильдара, Гарм, Джаргаталь, Комсомолабад и прилегающие районы – к востоку и юго-востоку от Душанбе – стали некоторым аналогом масхадовской Чечни, с религиозным уклоном. На территории этих районов был введён шариат, запрещались провоз и употребление водки и других алкогольных напитков, курение; женщины ходили в традиционной одежде с покрытой головой; на полуразрушенных постах ГАИ, на неподвижных (от отсутствия топлива) танках сидели вооружённые бородатые люди, останавливали редкие проезжающие машины, изымали запретные продукты (типа водки), а с дозволенных (например, с арбузов) взимали натуральный налог. Оружия было очень много; придя в чайхану, воители садились на дастрархан, а автоматы кучкой прислоняли в угол. Обитатели повстанческих регионов жили, в основном, сельским хозяйством; многие покинули Таджикистан в поисках лучшей доли. Граница с официальной территорией проходила очень близко к Душанбе – оппозиция завелась даже в Вахдате (Орджоникидзебаде), в восточном пригороде столицы (18 км), столица фактически была прифронтовой территорией. Курган-Тюбе после боёв попал под контроль правительства; Куляб всегда был правительственным – в нём базировалась российская армия, 201-я дивизия, частично оставшаяся в городе до сих пор.
В самом Душанбе почти в каждом дворе можно было увидеть вооружённого автоматом мужчину; вечером в столице наступал комендантский час, и только солдаты разъезжали в кузовах грузовиков по городу и клацали оружием. Перебои с электричеством стали нормой и на правительственной, и на моджахедской территории; дороги не ремонтировались; чтобы устроиться в столице на $10 в месяц, нужно было иметь блат и быть высококлассным специалистом; люди попроще могли найти себе работу на бирже труда за $2. Минимальная месячная зарплата (среди тех, что предлагали соискателям) – зарплата сторожа – составляла всего $0,6; неудивительно, что многие сторожа активно продавали налево сторожимое ими имущество. На улицах столицы пожилые люди пытались продать хоть кому-то содержимое своих квартир; множество людей уехало в Россию, включая почти всех русских; квартиру в Душанбе можно было купить за $500—1000, а четырёхкомнатную в центре – за $3000. Были и люди, что меняли свою квартиру в Таджикистане на билет в Москву, в один конец. Столицу наводнили афганцы, бегущие массово из соседнего Афганистана, где тем временем на север наступали талибы.