В конце 1904 года штабс-капитана Снесарева, как уже признанного специалиста по Среднему Востоку, переводят служить в Санкт-Петербург в Главное управление Генерального штаба. Здесь его служба продлилась до 1910 года, ему были присвоены очередные воинские звания: подполковника (1904) и полковника (1908). Наряду со службой в столице Андрей Евгеньевич активно занимается научной и общественной деятельностью, преподает в военном училище и академии, выступает с лекциями и докладами в различных обществах: географическом, ориенталистов (востоковедов), ревнителей военных знаний. В 1908 году он участвует в работе международного конгресса ориенталистов в Копенгагене, где делает два доклада: «Религии и обычаи горцев Западного Памира» и «Пробуждение национализма в Азии». В годы службы в Петербурге выходит ряд его крупных работ: «Восточная Бухара», «Индия как главный фактор в среднеазиатском вопросе», «Англо-русское соглашение», «Военная география России». Он принимает активное участие в издании газеты «Голос правды», а также журнала «Чтение для солдат», выступает автором целого ряда статей в «Военной энциклопедии», которая начала в это время выходить в издательстве Сытина.
В 1907 году между Великобританией и Россией было заключено соглашение. А. Е. Снесарев публично осудил его как не отвечающее интересам России: «…Характерной особенностью, основным недостатком англо-русского соглашения является его неискренность. Всё это соглашение не искренно. Люди собираются наладить мировую обстановку, и ни та, ни другая сторона не говорят, по поводу чего же они решаются быть миролюбивыми».[4] Похоже, что это выступление Снесарева послужило скрытой причиной его перевода для дальнейшей службы на границу с Австро-Венгрией начальником штаба 2-й казачьей Сводной дивизии, которая дислоцировалась в городе Каменец-Подольске. Его вроде бы выдвигают по службе, но отодвигают от больших военно-политических дел, которыми он занимался Генеральном штабе. Правда, одновременно он назначается председателем российской стороны комиссии по разграничению границы между Российской и Австро-Венгерской империями. Еще во время службы в Средней Азии Снесарев проявил себя как теоретик и ответственный практик решения пограничных проблем.
При исполнении этих двух должностей А. Е. Снесарева и застает в 1914 году надвигающаяся Первая мировая война. К этому времени в его семье уже было трое детей: два мальчика (Евгений и Кирилл) и девочка (Евгения – Ейка). В фронтовых письмах они – предмет постоянного внимания, заботы и любви.