За три неполных года учебы в одном из старейших военных учебных заведений России, исключительно богатом своими передовыми учебными и педагогическими традициями, провинциальный юноша, рано обнаружив свои природные дарования, сразу вошел в число самых успевающих и дисциплинированных воспитанников. В этот срок он последовательно прошел все военные ступени: рядовой юнкер, унтер-офицер, портупей-юнкер и, наконец, по окончании училища по первому разряду был произведен в подпоручики. Именно здесь он сформировался как личность.
В особой атмосфере альма матер, располагающей к серьезной учебе, самообразованию, у него развились такие ценные качества, как творческое отношение к любому делу, основательность и ответственность в решении задач, которые ставила перед ним жизнь. Сильны были в нем тяга к знаниям, ко всему новому. За годы учебы в столице он приобщился к высоким образцам духовной культуры – литературе, поэзии, театру. Как товарищ он был надежен, в отношениях с друзьями – по-особенному прям и честен, никогда не кривил душой.
Не имея ничьей протекции, кроме симпатий ведущих педагогов училища (преподаватель химии хотел видеть его своим будущим коллегой), Батюшин получает направление на службу по специальности в 4-ю Конно-артиллерийскую батарею Виленского военного округа. Служба идет успешно. Сразу по прибытии он назначен учителем в учебную команду двух батарей, а несколько позже становится уже заведующим этой команды.
Дважды во время службы (в общей сложности почти десять месяцев) командование доверяет ему исполнять обязанности делопроизводителя в святая святых военного ведомства – батарейной канцелярии. 22-летний офицер, практически юноша, допускался к совокупной, а потому особо секретной, информации о боевой части, ее личном и офицерском составе, служебных и личностных тайнах своих сослуживцев. Не тогда ли его командиры, доверяя ему этот специфический род служебной деятельности, уже уловили в нем качество, обязательное для будущего разведчика, – много знать, но мало говорить. Это называется еще человеческой и офицерской надежностью.
Служба требовала от молодого командира полной отдачи. Он решил навсегда связать свою жизнь с армией и знал, что дальше его путь непременно пройдет через учебу в академии.
В октябре 1896 г. поручик Н. С. Батюшин зачислен в Николаевскую академию Генерального штаба, ровно через два года учебы переведен на дополнительный курс академии, который «…окончил успешно и за отличные успехи в науках произведен в штабс-капитаны».