Наряду с нормативными правовыми актами Президента РФ и Правительства РФ, арбитражные суды рассматривают дела и на основании нормативных актов федеральных министерств и ведомств. Эти акты также следует отличать от соответствующих актов ненормативного характера. Например, это приказ Федеральной службы налоговой полиции РФ от 11 мая 1999 г. № 154 «Об утверждении Инструкции о порядке подготовки нормативных правовых актов в федеральных органах налоговой полиции и их государственной регистрации»; приказ ГТК РФ от 14 декабря 2000 г. № 1155 «Об утверждении Положения о нормативных правовых актах ГТК России».
Следует указать, что предписания об актах федеральных органов исполнительной власти содержатся не только в подзаконных актах, но и в некоторых федеральных законах. Так, в соответствии со ст. 4 НК РФ, федеральные органы исполнительной власти, а также органы исполнительной власти субъектов РФ, исполнительные органы местного самоуправления, органы государственных внебюджетных фондов в предусмотренных законодательством о налогах и сборах случаях издают нормативные правовые акты по вопросам, связанным с налогообложением и сборами, которые не могут изменять или дополнять законодательство о налогах и сборах. Государственный таможенный комитет РФ при издании указанных актов руководствуется также таможенным законодательством РФ. Министерство РФ по налогам и сборам, Министерство финансов РФ, Государственный таможенный комитет РФ, органы государственных внебюджетных фондов издают обязательные для своих подразделений приказы, инструкции и методические указания по вопросам, связанным с налогообложением и сборами, которые не относятся к актам законодательства о налогах и сборах. Рассматриваемые нормы об актах федеральных органов исполнительной власти содержатся и в ст. 3 Бюджетного кодекса РФ.
Наряду с нормативными правовыми актами арбитражные суды в своей деятельности должны применять и правовые позиции КС РФ.[12] Эти правовые позиции КС РФ занимают особое место среди источников отечественного права.[13] При анализе правовых позиций КС РФ, в юридической литературе справедливо указывается на то, что КС РФ осуществляет правотворческую деятельность особого рода, его правовые позиции обладают нормативной силой[14] и являются преюдициальными для судов.