Одной из самых острых ситуаций до сих пор остается проблема крымских татар. Они стремились вернуться на жительство в Крым, сохранить и развивать свою национальную самобытность, язык и культуру. Из Крыма было выселено 230 тысяч человек, а требовали возвращения в родные места уже вдвое больше. Лидерами крымско-татарского движения выдвигались ультимативные требования о немедленном и массовом переселении из мест спецпоселения в Крым. Они прибегали к различным формам давления на власть с требованием восстановления существовавшей автономии в Крыму, проводили массовые митинги, создавали палаточные городки, объявляли групповые голодовки, совершали попытки самосожжения у Кремлевских стен. Организованное движение крымских татар возглавили молодые, энергичные люди, которые установили контакты с Западом и диссидентским движением в стране. При отсутствии положительных сдвигов в решении проблемы возникла естественная реакция: действия лидеров крымско-татарского движения стали принимать радикально-националистический и экстремистский характер.
Вынашивались планы создания самостоятельного для крымских татар автономного образования в Узбекистане. Остановились на варианте создания автономии в форме национально-территориального округа в Джизакской области, где к этому времени были открыты огромные запасы природных богатств. Секретарем обкома партии был назначен крымский татарин, перед которым стояли задачи привлекать на жительство в область крымско-татарское население, создавать условия для полноправной экономической и культурной жизни татар и таким образом сдерживать стремление массового переселения в Крым. Однако, как и в вопросе с автономией для советских немцев, в Узбекистане столкнулись с актами противодействия со стороны националистически настроенного коренного населения. Автономия для крымских татар в Узбекистане не состоялась, да и сами крымские татары неохотно шли на это. В декабре 1988 года на массовом митинге местного населения в Ташкенте прозвучали лозунги: «Русские, уезжайте в свою Россию, а крымские татары сами уберутся в Крым». В Андижане распространялись листовки: «Не уступайте русскому народу… Они забыли, что в тяжелые годы приехали без штанов».
Дискриминация крымских татар продолжалась и во времена горбачевской перестройки. Украинские власти препятствовали возвращению крымских татар, не разрешали регистрировать сделки по приобретению ими жилья, отказывали в трудоустройстве и прописке, принудительно выдворяли въехавшие семьи через Керченский пролив в Россию. В ответ возрастали массовые акции: самозахват пустующих земель, усиление мусульманского фактора. Экстремистские и радикальные круги крымских татар стали субсидироваться иностранным капиталом. Лидеры экстремистского крыла апеллировали к Западу, обращались за поддержкой в иностранные посольства. В поддержку возвращения крымских татар в Крым активно выступал академик Андрей Сахаров, справедливые требования поддерживала общественность. Можно себе представить сложность внутриполитической обстановки в связи с этим в регионах, на местах.