Дзержинский принял решительные меры, чтобы в кратчайший срок ликвидировать очаги махновщины. В отношении махновцев, арестованных на Украине, он рекомендовал не расправляться с ними административно, а передать трибуналу.
Успехи украинских чекистов во многом были обусловлены личными, доверительными отношениями председателей ВЧК и ВУЧК. Об этом свидетельствует и тот факт, что Дзержинский после назначения его наркомом путей сообщения рекомендовал ЦК назначить Манцева на пост председателя ВЧК России.
Когда речь идет о взаимодействии чекистских органов двух братских республик, нужно иметь в виду, что помощь была не только со стороны ВЧК. Сотрудники ВУЧК часто приходили на помощь своим российским коллегам. Так, в январе 1923 года Дзержинский просил Манцева направить в Россию на несколько месяцев известного специалиста по борьбе с бандитизмом Ф. Мартынова для усиления борьбы с хищениями на железных дорогах.
И в годы нэпа, как и во время Гражданской войны, по-прежнему сложной оставалась работа с кадрами. Сотрудники органов госбезопасности, как правило, комплектовались из партийных рядов, людей, преданных коммунистическим идеям. В условиях Гражданской войны и военной интервенции они действовали решительно, в ряде случаев руководствовались революционным правосознанием, перехватывали инициативу у противника, который был опытнее, чем сотрудники новой спецслужбы. Хотя образовательный уровень личного состава, в том числе руководителей, был невысок, им были присущи четкая политическая линия, революционный пафос, чувство преданности социалистической революции.
Во время создания Всеукраинской ЧК среди чекистов было значительное количество выходцев из еврейского населения. Это находило объективное объяснение. Евреи на Украине в дооктябрьский период составляли многочисленную диаспору, имели неравное положение с коренным населением, подвергались угнетению при царской власти, неоднократным погромам со стороны украинских националистов. Кстати, репутацию Петлюры на Западе сильно испортили еврейские погромы, в которых, по имеющимся данным, погибло около 50 тысяч человек. Сам он в 1926 году был застрелен Семеном Шварцбурдом, 15 родственников которого стали жертвами погромов. Многие евреи приняли активное участие в революции на стороне большевиков. Немаловажное значение для пополнения чекистских рядов имел более высокий образовательный ценз еврейского населения. Но, с другой стороны, известно, что сионистские круги не стеснялись сотрудничать и с врагами советской власти, призывали к свержению большевиков.