Готовясь к борьбе, русское церковное общество насторожилось, спешило прибраться, почиститься, собраться с силами, внимательнее присмотреться к своим недостаткам: издаются строгие указы против суеверий, языческих обычаев в народе, безобразного провождения праздников, против кулачных боев, зазорных игрищ, пьянства и невежества духовенства, против беспорядков в богослужении. Спешили возможно скорее вымести сор, небрежно копившийся вместе с церковными богатствами 6 1/2 столетия. Стали искать союзников. Если государству понадобился мастер-немец, то церковь почувствовала нужду в учителе-греке или киевлянине. Отношения к грекам улучшаются: вопреки прежнему недоверчивому и пренебрежительному взгляду на их пестрое благочестие, теперь в Москве признают их строго православными. Сношения с восточной иерархией оживляются. Все чаще появляются в Москве восточные иерархи с просьбами и предложениями; все чаще обращаются из Москвы на Восток к греческим владыкам с запросами по церковным нуждам и недоумениям. Русская Автокефальная церковь с подобающим благоговением относится к церкви Константинопольской, как к своей бывшей митрополии. Мнениям восточных патриархов в Москве внемлют, как голосу Вселенской церкви; никакого важного церковного недоумения не решают без их согласия. Греки шли навстречу шедшим из Москвы призывам.
В то время как Москва искала света на греческом Востоке, оттуда шли внушения самой Москве стать источником света для православного Востока, питомником и рассадником духовного просвещения для всего православного мира, основать высшее духовное училище и завести греческую типографию. В то же время доверчиво пользовались трудами и услугами киевской учености. Но все эти духовные силы легче было собрать, чем объединить, наладить для дружной работы. Киевские академики и ученые греки являлись в Москву спесивыми гостями, коловшими глаза хозяевам своим научным превосходством. Придворные сторонники западной культуры, как Морозов и Ртищев, дорожа немцами, как мастерами, привечали греков и киевлян, как церковных учителей, и помогали Никонову предшественнику, патриарху Иосифу, который тоже держался обновительного направления вместе с царским духовником Стефаном Вонифатьевым, хлопотал о школе, переводе и издании образовательных книг. А для проведения в народную массу благопристойных понятий и нравов, Стефан вызвал из разных углов России популярных проповедников: священников Ивана Неронова из Нижнего, Даниила из Костромы, Логгина из Мурома, Аввакума из Юрьевца Повольского, Лазаря из Романова-Борисоглебска. В этой компании вращался и Никон, пока молчаливо себе на уме присматриваясь к товарищам, своим первым будущим врагам. Но Ртищева за научные наклонности заподозрили в ереси, а царский духовник, с виду благодушный и смиренный назидатель царя, при первом столкновении обругал перед ним патриарха и весь Освященный собор волками и губителями, сказав, что в Московском государстве и Церкви-то Божией совсем нет, так что патриарх бил челом царю по силе Уложения, присуждающего смертную казнь за хулу на Соборную и Апостольскую церковь.