По учреждении Синода он был назначен вторым его членом (1721), а в 1724 году был сделан архиепископом Новгородским, в каковом сане и оставался до самой смерти (1736).
Прокопович был ученейшим и образованнейшим человеком своего времени. Не только при Петре I, когда он своими проповедями и сочинениями служил делу реформы, но и в последующие царствования, при Екатерине и Анне Иоанновне, он находился во главе тех людей, которые заботились о распространении в обществе нового образования. Его совета спрашивали во многих важных делах; ему посылались на просмотр почти все русские сочинения, предназначавшиеся для печати. Из русских ученых он находился в самых тесных отношениях с князем Д. М. Голицыным, с А. Д. Кантемиром и В. Н. Татищевым. Он приветствовал стихами самое первое произведение зарождавшейся тогда русской литературы – сатиру А. Д. Кантемира «На хулящих учение». Он принял под свое покровительство самого отца этой литературы М. В. Ломоносова, когда тот пришел учиться в Московскую академию. Ободренный похвалами Прокоповича, A. Д. Кантемир продолжал свою литературную деятельность и в своих сатирах проводил те же идеи о науке и просвещении и рисовал те же картины грубости и невежества, какие мы встречаем в проповедях и других сочинениях Прокоповича. B. Н. Татищев в своей «Духовной» советует наряду с творениями отцов и учителей Церкви читать сочинения Феофана Прокоповича: «Первое учение отроком и о Христовых блаженствах проповеди толкование». «Наш архиепископ Феофан, – говорит он, – был в науке философии новой и богословии толико учен, что в Руси прежде равного ему не было. По природе острым суждением и удивительно твердою памятью был одарен». Горячо любя науку и просвещение, Прокопович особенное внимание оказывал европейским ученым. Датский путешественник фон Гавен, бывший в Петербурге в 1736 году, говорит о нем: «Этот человек по познаниям не имеет себе почти никого равного, особенно между русскими духовными. Кроме истории, философии и богословия, он имеет глубокие сведения в математике. Он знает европейские языки, из которых на двух говорит, хотя в России никакого не хочет употреблять, кроме русского… Он особенно вежливи услужлив со всеми иностранными литераторами и вообще с иноземцами; со смертью его должно прекратиться множество в высшей степени полезных дел». Однако необходимо сказать, что увлечение Феофана европейской наукой и цивилизацией доходило до такой крайности, что превращалось в совершенное самоуничижение и низкопоклонство. Об этом свидетельствуют следующие выдержки из его проповеди: «В коем мнении, в коей цене бехом мы прежде у иноземных народов? Бехом у политических мнимии варвары, у гордых и величавых презреннии, у мудрящихся невежи, у хищных желательная ловля, у всех нерадими, от всех поругаеми… ныне же, котории нас гнушались, яко грубых, ищут усердно братства нашего, котории обесчестили, славят, котории грозили, боятся и трепещут, котории презирали, служити нам не стыдятся. Многие в Европе коронованные главы не точию в союз с монархом нашим идут доброхотно, но и десная Его величеству давати не имеют за бесчестие». Как видите, Прокопович считает особым почетом и придает великое значение даже тому, что многие в Европе коронованные главы «десная Его Величеству давати не имеют за бесчестие». Здесь лежит начало того рабства и крайнего самоуничижения, которое потом стали показывать русские люди (высшее общество, главным образом) при всяком столкновении с Европой, при всяком сопоставлении всего русского с иностранным.