В Академии наук перед почтеннейшим собранием Пирогов прочитал лекцию о ринопластике. Он купил в парикмахерской манекен из папье-маше, отрезал у него нос, а лоб обтянул куском старой резиновой галоши. Рассказывая ход операции, выкроил из резины нос и с блеском пришил его на место. Он убедительно говорил об огромных возможностях пластической хирургии, о не изученных еще способностях человеческого тела, таких, как «восстановление целости поврежденных частей и развитие новой жизни в частях, перемещенных или пересаженных».
Фактически профессорская деятельность Пирогова началась еще в Риге до его утверждения в профессорском звании и продолжалась затем в Дерпте и Петербурге.
Министр Уваров принял будущего профессора Пирогова в шелковом халате. Как говорится, «О времена, о нравы!» Уваров согласился назначить Пирогова в Дерпт, поругал дерптских студентов и порассуждал о необходимости исправлять их нравственность, поскольку во время посещения Уваровым Дерпта студенты позволили себе посмеяться над господином министром. Разговаривая, Уваров играл поясом от халата, думал о чем-то своем, ему было не до Пирогова, не до кафедр хирургии и вообще не до ведомства народного просвещения, которым он руководил. Уваров жил своей жизнью, далекой от интересов Пирогова. Что ж, каждому свое.
Профессорская деятельность началась для Пирогова с улучшения своего немецкого языка. Заканчивая первую лекцию, Пирогов сказал: «Господа, вы слышите, что я худо говорю по-немецки. Поэтому мои лекции могут оказаться не такими ясными, как мне бы хотелось. Прошу вас сообщать после каждой лекции, в чем я не был достаточно вами понят, и я готов вновь повторять и объяснять все, что необходимо».
Скоро хирургия стала у студентов одним из любимейших предметов. Когда ученики попросили у Пирогова его портрет, он подарил им литографию с надписью: «Мое искреннейшее желание, чтобы мои ученики относились ко мне с критикой, моя цель будет достигнута только тогда, когда они убедятся в том, что я действую последовательно; действую ли я правильно? – это другое дело; это смогут показать лишь время и опыт».
Молодой профессор Пирогов начал с того, что объявил главным девизом своей деятельности абсолютную научную честность. Этот девиз он пронес через всю жизнь.
В 1837 году – на втором году профессуры – Пирогов выпустил первый том «Анналов хирургического отделения клиники Императорского университета в Дерпте». В 1839 году вышел в свет еще один том.