С первых же шагов в педагогике Пирогов делал все, чтобы уничтожить телесные наказания. Это было трудно, поскольку телесные наказания были узаконенными. В Киеве Пирогов решил отменить розгу административно, приказом. Был создан комитет для выработки «Правил о проступках и наказаниях». Большинством голосов розгу сохранили, но Пирогов всячески ограничил ее применение и подробно объяснил, почему так вышло, что сечь все-таки будут.
Пирогов разрабатывал проекты университетской реформы, предлагал уничтожить мундир, устранить полицейский надзор за студентами, а главное – сделать свободным вход в университет. По проекту Пирогова крестьян следовало принимать в университет без экзаменов. Царь, узнав о таком проекте, долго не мог успокоиться. За обедом раздраженно швырнул на стол салфетку: «Тогда будет столько же университетов, сколько кабаков!»
Еще одно нововведение Пирогова – это воскресные школы для малоимущих. Осенью 1859 года на Подоле в Киеве открылась первая такая воскресная школа. Пирогов докладывал министру, что студенты «в видах человеколюбия» пожелали бесплатно обучать ремесленников и «другого рабочего класса людей», он схитрил – вроде бы спрашивал разрешения, но докладывал, когда школа уже открылась.
Учиться пришли и дети, и взрослые. С первого же дня школа была битком набита. Преподавали не только студенты – педагоги, офицеры, литераторы, профессора. Пирогов писал: «Учителя одушевлены рвением учить, ученики – охотою учиться». Он видел в воскресных школах средство просвещения народа, писал обстоятельные трактаты, доказывал пользу воскресных школ.
Система образования отвечала ярко выраженной идиосинкразией на все начинания и нововведения Пирогова. Она чуяла в нем врага, разрушающего ее незыблемые, никем не оспариваемые основы.
В Петербурге было составлено высочайшее повеление о «совершенном закрытии всех воскресных школ», ибо «положительно обнаружено в некоторых из них, что под благовидным предлогом распространения в народе грамотности люди злоумышленные покушались в этих школах развивать вредные учения, возмутительные идеи, превратные понятия о праве собственности и безверие». Известный литературный деятель академик Никитенко напишет в своем дневнике: «Ребиндер тоже просил моего совета, кого бы определить на место Пирогова, которого решительно не хочет государь». Князь Васильчиков из Киева писал: «Либо я, либо Пирогов».