Теперь о налоговых аспектах взаимоотношений головной организации и ее филиалов (представительств). Согласно ст. 19 Налогового кодекса Российской Федерации (НК РФ) филиалы и представительства российских организаций не являются самостоятельными налогоплательщиками. Они лишь выполняют обязанности головной организации, которая их создала, по уплате налогов и сборов на той территории, на которой эти филиалы выполняют назначенные им функции. Статья 27 НК РФ фактически определила налоговый статус филиалов и представительств как законного представителя налогоплательщика-организации. Ими признаются лица, уполномоченные представлять указанную организацию на основании закона или ее учредительных документов. Исходя из этого определения руководители филиалов российских организаций в отношениях с налоговыми органами также обладают статусом законного представителя головной организации, являющейся налогоплательщиком.
Организация, имеющая филиалы и другие обособленные подразделения, расположенные на территории РФ, должна встать на учет в налоговом органе по местонахождению этих филиалов. Данное положение предусматривается ч. 1 ст. 83 НК РФ. При этом заявление о постановке на учет головная организация должна подать в соответствующий налоговый орган в течение одного месяца со дня создания обособленного подразделения. Если же в данном муниципальном образовании головная организация уже состоит на налоговом учете, то заявление подавать не нужно. Достаточно представить в налоговый орган письменное уведомление о вновь созданном обособленном подразделении в тот же срок.
Налоговые органы имеют право проводить в рамках выездных налоговых проверок головной организации проверку деятельности филиалов, а также проводить самостоятельные выездные налоговые проверки филиалов по вопросам правильности начисления и уплаты региональных и местных налогов (ст. 89 НК РФ). В течение одного календарного года налоговый орган может проводить не более одной выездной проверки по одному и тому же налогу и не более двух проверок в целом по филиалу.
Каким образом должны выполнять свои обязанности по уплате конкретных налогов и сборов филиалы и представительства, устанавливает часть вторая НК РФ в соответствующих главах и статьях.
Следует также обратить внимание на то, что филиалы и представительства не вправе применять упрощенную систему налогообложения на основании подп. 1 п. 3 ст. 346.12 НК РФ.