Средства Фонда имеют целевое назначение, т. е. используются исключительно на финансирование мероприятий, перечисленных в Положении о ФСС России. В связи с этим зачисление средств социального страхования на личные счета застрахованных невозможно. В частности, средства направляются на:
1) выплату пособий по временной нетрудоспособности, беременности и родам, женщинам, вставшим на учет в ранние сроки беременности, при рождении ребенка, при усыновлении ребенка, по уходу за ребенком до достижения им возраста 1,5 лет, а также социального пособия на погребение или возмещение стоимости гарантированного перечня ритуальных услуг, а также иные выплаты, установленные трудовым законодательством;
2) частичное содержание находящихся на балансе страхователей санаториев-профилакториев, имеющих лицензии на право занятия этим видом деятельности (постановление Правительства РФ от 22 ноября 1997 г. № 1471 «О некоторых мерах по упорядочению выплат за счет средств Фонда социального страхования Российской Федерации»);
3) частичную оплату путевок в детские загородные оздоровительные лагеря, находящиеся на территории РФ, для детей работающих граждан;
4) оплату проезда к месту лечения и обратно (Положение об оплате дополнительных расходов на медицинскую, социальную и профессиональную реабилитацию застрахованных лиц, получивших повреждение здоровья вследствие несчастных случаев на производстве и профессиональных заболеваний, утвержденное постановлением Правительства РФ от 15 мая 2006 г. № 286);
5) создание резерва для обеспечения финансовой устойчивости ФСС России на всех уровнях. Порядок формирования резерва и предоставления из него средств (на возвратной основе или безвозмездно) определяется Инструкцией о порядке начисления, уплаты, расходования и учета средств государственного социального страхования, утвержденной Фондом совместно с Министерством труда и социального развития РФ, Министерством финансов РФ, Государственной налоговой службой РФ и с участием Центрального банка РФ;
6) обеспечение текущей деятельности, содержание аппарата управления Фонда;
7) финансирование деятельности подразделений органов исполнительной власти, обеспечивающих государственную защиту трудовых прав работников, охрану труда (включая подразделения надзора и контроля за охраной труда) в случаях, установленных законодательством;