После Февральской революции 1917 года Ю. И. Гессен решил организовать издание «Еврейского исторического журнала», намереваясь пригласить видных еврейских ученых: Я. И. Израэльсона, С. А. Анского, С. Г. Лозинского, И. В. Галанта. Но последующие события жизни перечеркнули это начинание.
В период, последовавший после большевицкой революции в 1917 году, тематика публикаций Ю. И. Гессена постепенно меняется: еврейская история все больше вытесняется другими темами. За всю послеоктябрьскую жизнь, а это 22 года, ему удалось напечатать только 14 работ по истории евреев, то есть немного по сравнению с более чем 170 за предшествующие 19 лет научной деятельности. К началу 30-х гг. еврейская историография в стране, в силу разных причин, прекратила свое развитие и Ю. И. Гессен так же, как и многие другие историки, был вынужден или работать «в стол», или сосредоточиться на другой проблематике.
В 1918–1920 гг. Ю. И. Гессен работал в Главном архивном управлении, занимаясь научной работой. В эти годы он немало сделал для сохранения еврейских документов, находившихся в различных архивах Петрограда и прилегающих районов. В 1919–1923 гг. он читал лекции по истории евреев в России в Петроградском институте высших еврейских знаний.
В начале 20-х годов Ю. И. Гессен постоянно искал возможность опубликования II тома «Истории еврейского народа в России». После выхода I тома прошло уже много лет, и сама книга была распродана. В 1923 г. в приложении к сборникам «Еврейская летопись» были перепечатаны в сокращении первые пять глав I тома из издания 1916 г. Однако в дальнейшем этот сборник выходил нерегулярно и постепенно публикация прекратилась. Ю. И. Гессен начал готовить специальное издание I и II томов, которое и было осуществлено в 1925 и 1927 гг. По материальным причинам, а это издание осуществлялось за счет автора, объем I тома составил только половину от его выпуска в 1916 г. Были исключены все рисунки и карты. Что касается текста, то наиболее значительные сокращения коснулись описания периода с момента появления евреев на территории России до эпохи Петра I, истории евреев в Польше и Литве, истории религиозной борьбы среди еврейства, обстоятельств ряда еврейских погромов, характеристики «внутренней» жизни еврейских общин. Видимо, в таком же размере был сокращен и ранее подготовленный им II том