Их взгляды были близки Гераклиту из Эфеса, который интуитивно чувствовал, что Вселенная находится в постоянном движении, что стабильность и постоянство не являются нормой. Гераклит учил, что все изменения в мире происходят в результате активных циклических взаимодействий различных пар противоположностей, и рассматривал каждую такую пару как единое целое. Единство, содержащее противоположности, но стоящее над ними, он называл логосом.
Разрыв этого единства впервые произошел в философии Парменида из Элеи, взгляды которого были абсолютно противоположны взглядам Гераклита. Парменид признавал существование некоего Божественного Принципа, стоящего над всеми богами и людьми. Он считал этот принцип уникальным и неизменяемым и называл его Бытие. Он был уверен в том, что изменения невозможны, и относил видимые изменения к иллюзорности наших чувств. Позднее этот принцип стал отождествляться с персонифицированным божеством, стоящим над миром и управляющим им. Так в философии возникло направление, которое отделило материю от духа и породило дуализм.
В V веке до н. э. греческие мыслители попытались примирить теории Парменида и Гераклита. Чтобы сгладить различия между идеями неизменяемого Бытия (Парменид) и вечного изменения (Гераклит), они выдвинули тезис о том, что Бытие проявляется в определенных неизменных субстанциях, которые, соединяясь и расходясь, порождают все изменения в этом мире. Это привело к возникновению понятия атома – мельчайшей неделимой единицы материи. Согласно философской концепции великого греческого философа Демокрита, материя состоит из некоторого количества «основополагающих строительных кирпичиков» – абсолютно пассивных и по сути своей неживых частиц, между которыми находится пустота. Атомы движутся в пустоте подобно бильярдным шарам. Причина движения частиц не объяснялась, но обычно ассоциировалась с внешними силами, которые, как считалось, носили идеальный, или духовный, характер, не имея ничего общего с материей. И поскольку экспериментальная проверка этой концепции была невозможна, никто не задавался вопросом, применима ли предложенная аналогия к миру атомов.
По мере того как укоренялась идея о разделении духа и материи, философы стали все больше интересоваться духовным миром, человеческой душой и проблемами этики. Ученых же привлек материальный мир. Научные представления древних были систематизированы Аристотелем, создавшим модель Вселенной, аналогичной точно идущим часам, для изучения которой следует использовать редукционистский подход: если разбить что-либо на мельчайшие составные части, можно понять, как это работает. Хотя сам Аристотель считал, что изучение человеческой души и созерцание величия Бога гораздо важнее изучения материального мира, именно его модель механистической Вселенной использовалась западной наукой на протяжении двух тысяч лет.