14 августа 1940 г. Политбюро приняло постановление «О преобразовании армий в Эстонской, Латвийской и Литовской ССР», согласно которому национальные армии предполагалось «очищать от неблагожелательных элементов» и преобразовать их, с подчинением командующему войсками ПрибВО, в стрелковые территориальные корпуса Красной армии: 22-й в Эстонии, 24-й в Латвии и 29-й в Литве. Нормативная численность одного корпуса устанавливалась в 15 142 человека, т. е. всего 45 426 человек.[174]
17 августа 1940 г. ПрибВО был преобразован в Прибалтийский Особый военный округ (ПрибОВО), с включением в его состав войск на территории Эстонской ССР (ранее – в ЛенВО) и передачей ответственности за управление войсками на части территории Калининской области Московскому военному округу. С декабря 1940 г. ПрибОВО возглавил генерал-лейтенант (с февраля 1941 г. – генерал-полковник) Ф. И. Кузнецов.
Согласно плану стратегического развертывания РККА, принятому в марте 1941 г., северо-западное направление считалось одним из главных направлений удара немцев (на Ригу или Каунас, Даугавпилс). С августа 1940 г. по 22 июня 1941 г. проводилось наращивание сил ПрибВО, составившее, по разным показателям, от 1,5 до 2 раз: дивизий – с 15 до 25, личного состава – с 173 тыс. до 397 тыс. человек, орудий и минометов – с 3242 до 7019, танков – с 1025 до 1549, самолетов – с 675 до 1344 единиц.[175]
14 мая 1941 г. была принята директива наркома обороны СССР, маршала Советского Союза С. К. Тимошенко, предписывавшая командующему ПрибОВО генерал-полковнику Ф. Кузнецову разработать детальный план обороны государственной границы Литовской ССР, противодесантной обороны побережья Балтийского моря к югу от залива Матсалу и островов Даго и Эзель, а также план противовоздушной обороны. 2 июня 1941 г. план прикрытия госграницы и боевых действий ПрибОВО на случай войны был утвержден, однако многие аспекты военно-технического, инженерного и мобилизационного характера к моменту нападения нацистской Германии на СССР командование округа осуществить не успело; не были полностью учтены и компенсированы танкодоступность равнинной местности с относительно развитой сетью шоссейных дорог, протяженность морского побережья, сохранялись изъяны во взаимодействии РККА и КБФ.
Подготовка к отражению военной агрессии гитлеровской Германии и подавлению возможных антисоветских выступлений сопровождалась в Прибалтике массовыми политическими репрессиями, в т. ч. необоснованными. При этом полностью подавить националистическое подполье, связанное с абвером, не удалось: у германской разведки в Прибалтике еще в 1930-е гг. была создана широкая агентурная сеть,