И все-таки Елизавета была не из тех женщин, кто удовлетворяется мелкой и бесполезной местью; вскоре она освободила графиню Леннокс и обратила взор на Мерри, самого недовольного из всех лордов, противостоящих Марии Стюарт, так как после этого брака он утратил свое влияние на нее. Елизавете не составило большого труда подстрекнуть его к возмущению. Потерпев неудачу в первой же попытке подчинить себе Дарнли, он столкнулся с герцогом Чателротом, Гленкэрном, Аргайлом и Ротсом; собрав, сколько смогли, сторонников, они подняли открытый мятеж против королевы. То было первое явное проявление враждебности, ставшей впоследствии роковой для Марии Стюарт.
Королева воззвала к дворянству, которое немедленно откликнулось и сплотилось вокруг нее, так что к концу месяца у нее было самое лучшее войско, какое когда-либо собирал король Шотландии. Во главе этого великолепного ополчения встал Дарнли; он ехал в золоченых доспехах на прекрасном коне, рядом с ним в амазонке, с пистолетами в седельных кобурах скакала королева, решившая, чтобы не разлучаться ни на минуту, проделать вместе с ним всю кампанию. Молодые, красивые, они выступили из Эдинбурга под приветственные клики народа и армии.
Мерри и его сторонники не пытались даже оказать сопротивления, вся кампания прошла в маршах и контрмаршах, столь стремительных и сложных, что в народе этот мятеж прозвали Run about Raid, что можно перевести как «игра в салки». Мерри с мятежниками бежал в Англию, где Елизавета для вида сурово отчитала их за дерзость и безрассудство, а тайно приказала предоставлять им любую потребную поддержку.
Мария возвратилась в Эдинбург, обрадованная успехом второй проведенной ею кампании, не подозревая, что то был последний подарок судьбы и что на этом ее краткое счастье кончилось. Вскоре она убедилась, что, предавшись Дарнли, она обрела не галантного и ласкового мужа, как надеялась, а властного и грубого тирана; не считая более необходимым притворяться перед женой, он показал себя таким, каким был на самом деле, то есть вместилищем постыдных пороков, из которых пьянство и кутежи были не самыми худшими. Вскоре между венценосными супругами начался серьезный разлад.
Женившись на Марии, Дарнли не стал королем; он был всего лишь супругом королевы. Чтобы он получил власть, хотя бы равную власти регента, Мария должна была дать согласие на предоставление ему так называемой короны соправителя, которую носил во время своего недолгого царствования Франциск II,