Пороги в южной, нубийской части Нила назывались катарактами. Между Асуаном и Хартумом насчитывалось шесть порожистых мест, в которых река протекала не по относительно мягкой породе, а по значительно более твердым гранитным уступам континентальной плиты. Препятствия делают русло Нила в этих местах более узким, и течение реки становится быстрым и бурным. Этим объясняется греческое название «катаракт», которое означает не что иное как «водопад». Первый катаракт находился возле Асуана и в течение многих веков являлся естественной границей между Египтом и Нубией.
Нил был главной транспортной артерией Древнего Египта. Людей и грузы, солдат и рабов, скот, зерно, камень для строек и все другие нужные продукты, изделия и сырье – все это перевозили на кораблях по Нилу. Перевозки по воде имели для египтян такое важное значение, что колесо, которое было позаимствовано у завоевателей-гиксосов (в XVII-XVI веках до н. э.), они не спешили использовать для изготовления телег, тачек или двуколок. Четвероногий транспорт – ослы – стоял на втором месте, потому что передвигаться по реке было гораздо быстрее. Путешествие по Нилу из Фив в Мемфис (885 километров) продолжалось всякий раз по-разному, в зависимости от уровня воды и, следовательно, силы течения. Когда река была полноводной – около двух недель. В засушливый период течение было относительно слабое, и на преодоление этого пути требовалось до двух месяцев. Кроме того, глубина и скорость течения значительно различались на протяжении реки. При низком уровне воды глубина возле Асуана составляла два метра, а в районе Мемфиса примерно пять с половиной метров. Пока египтяне не научились плавать под парусами, используя ветры со Средиземного моря (около 3350 года до н. э.), их речные поездки продолжались еще дольше.
Ночью древние египтяне избегали отправляться в плавание по Нилу, чтобы не сесть на песчаную мель или не наткнуться на остров. Они, конечно, строили пристани и использовали удобные естественные гавани. Большие гавани были в Мединет-Хабу, в западных Фивах, в Мемфисе, в Танисе, а в эпоху династии Птолемеев – в Александрии. Для улучшения транспортных маршрутов египтяне даже копали каналы. Уже в период VI династии (примерно 2345-2180 гг. до н. э.) они построили канал на первом катаракте, чтобы быстрее и легче проходить опасный отрезок реки. Другой канал был прорыт при фараоне Сесострии III (1872-1853/52 гг. до н. э., Среднее царство, XII династия). Однако, несмотря на все ухищрения, в засушливый период корабли и лодки приходилось тащить по берегу. Чтобы улучшить условия для импорта товаров с Ближнего Востока, фараон Нехо II (около 610– 595 гг. до н. э.) повелел построить канал, соединивший Нил с Красным морем. При последующих династиях этот канал значительно углубили.