– для их хранения необходимо дополнительное место во внешней памяти, что связано с дополнительными накладными расходами;
– дублирование данных может привести к нарушению их целостности.
Физическая структура и способ хранения записей файлов данных жестко зафиксированы в коде приложений. Это значит, что изменить существующую структуру данных достаточно сложно. Кроме того, при модификации структуры данных программы должны быть изменены с целью соответствия новой структуре файла. А таких программ может быть очень много. Следовательно, программист должен прежде всего выявить все программы, нуждающиеся в доработке, а затем их перепроверить и изменить. Ясно, что выполнение всех этих действий требует больших затрат времени и может явиться причиной появления ошибок. Данная особенность файловых систем называется зависимостью программ от данных.
Поскольку структура файлов определяется кодом приложений, она также зависит от языка программирования этого приложения. Например, структура файла, созданного программой на языке Паскаль, может значительно отличаться от структуры файла, создаваемого программой на языке С. Прямая несовместимость таких файлов затрудняет процесс их совместной обработки и может потребовать создания программного обеспечения, предназначенного для преобразования полей файлов в некоторый общий формат, поэтому этот процесс может оказаться весьма длительным и дорогим.
С точки зрения пользователя возможности файловых систем намного превосходят возможности ручных операций с информацией. Соответственно возрастают и требования к реализации новых или модифицированных запросов. Однако файловые системы требуют больших затрат труда программиста, поскольку все необходимые запросы и отчеты должны быть созданы именно им. Во-первых, во многих организациях типы применяемых запросов и отчетов имели фиксированную форму, и не было никаких инструментов создания незапланированных или произвольных запросов как к самой информации, так и к сведениям о том, какие типы информации доступны.
Во-вторых, в других организациях наблюдалось быстрое увеличение количества файлов и приложений. В конечном счете наступал момент, когда программное обеспечение было неспособно адекватно отвечать запросам пользователей, эффективность его снижалась, а недостаточность документирования имела следствием дополнительное усложнение сопровождения программ. При этом часто игнорировались вопросы поддержки функционирования системы: не предусматривались меры по обеспечению безопасности или целостности данных; средства восстановления в случае сбоя аппаратного или программного обеспечения были крайне ограничены или вообще отсутствовали. Доступ к файлам часто ограничивался узким кругом пользователей, т. е. не предусматривалось их совместное использование даже сотрудниками одного и того же отдела.