Практика применения помилования, как и все, что касалось применения смертной казни, были окутаны завесой секретности; родственники осужденных, подававшие жалобы, и правозащитники, выступающие за отмену смертной казни, подвергались угрозам и преследованиям.[25]
В 2004 году, вопреки складывающейся в регионе тенденции к отмене смертной казни, в Узбекистане по-прежнему выносились тайные смертные приговоры. Родственникам и самим осужденным о дате приведения таких приговоров в исполнение не сообщалось; места захоронения казненных держались в тайне. Любые попытки открытого обсуждения проблемы смертной казни властями страны всячески пресекались.
О подлинном числе казненных и числе смертных приговоров судить было крайне сложно из-за отсутствия официальных данных. Правда, в декабре 2004 года президент Узбекистана Каримов заявил на пресс-конференции, что в 2004 году в стране к высшей мере наказания было «приговорено порядка 50–60 человек».[26] Однако это заявление, скорее, показывало неполноту информации, сообщаемой правозащитниками, нежели отражало реальную картину применения наиболее суровых мер уголовной репрессии.
В 2005 году смертные приговоры, по данным «Международной амнистии» выносились «десятками»; об их подлинном числе, как и о числе казней, судить по-прежнему не представлялось возможным из-за секретности такого рода информации. Ситуация с правами человека в стране оставалась крайне напряженной.[27] Единственным знаменательным событием года стал указ президента от 1 августа 2005 года, согласно которому с 1 января 2008 года смертная казнь в Узбекистане будет отменена.
Несмотря на это важное решение, мер, подобных установлению моратория на исполнение смертных приговоров, как это было сделано, например, в Казахстане и Кыргызстане, власти не приняли. И хотя правительственные сообщения утверждали, что в 2006 году смертные приговоры судами страны не выносились, данные правозащитных организаций указывали на то, что смертные приговоры все же были вынесены 8 осужденным.