Непрекращающиеся кровопролитные столкновения между правительственными силами, Армией освобождения суданского народа (АОСН) и другими вооруженными группами привели страну на грань катастрофы. Самое тяжелое положение в начале 2000-х гг. сложилось в Дарфуре, на Западе Судана, где правительственные войска бомбили деревни, а поддерживаемые правительством вооруженные группировки убивали мирных жителей и поджигали деревни в богатых нефтью районах. Около 600 тысяч человек из Дарфура стали вынужденными переселенцами, десятки тысяч бежали в соседний Чад. Сотни тысяч беженцев и внутренних переселенцев с юга и других районов боевых действий находились в лагерях вдоль границы и на севере страны.
В этих условиях о нормальной ситуации в сфере отправления правосудия говорить не приходилось. Дела об обвинениях в общеуголовных преступлениях, как правило, рассматривались в упрощенном (суммарном) порядке, а судебные процессы были несовместимы с нормами справедливого суда, не говоря уже о том, что обвиняемым отказывалось в праве на помощь адвокатов. Обстановке беззакония и жестокости во многом способствовала практика созданных в 2001 году для борьбы с «бандитизмом» специальных военных судов, для которых упрощенное судопроизводство и применение наиболее жестоких наказаний (особенно в Дарфуре) стали нормой.
Если в 2001 году здесь было вынесено 26 смертных приговоров и казнено 3 осужденных, то уже в 2002 году число таких приговоров и казней резко возросло. Только в Дарфуре из всех 120 смертных приговоров специальные военные суды вынесли 90; по этим приговорам 40 человек были казнены.[148] Кроме того, множество людей было осуждено за «нарушения общественного порядка» к порке и ампутациям конечностей (включая одновременную ампутацию руки и ноги); такие приговоры подлежали немедленному исполнению.
В начале 2003 года кризис в Дарфуре обострился после того, как Армия Освобождения Судана и Движение за справедливость и равноправие совершили нападение на правительственные формирования. В ответ финансируемые правительством отряды кочевников («Джанджавид») стали нападать на местное население, убивать мирных жителей и разрушать деревни, оставляя тысячи людей без крова. Правительственные силы, в свою очередь, продолжали бомбить Дарфур, принося новые жертвы и бедствия. В этих условиях по решениям специальных военных судов казнили 10 осужденных и было вынесено более 100 смертных приговоров.