Таможенное регулирование осуществляется в соответствии с таможенным законодательством РФ и законодательством РФ о государственном регулировании внешнеторговой деятельности. Основными функциями таможенного регулирования являются протекционистская и фискальная. Протекционистская функция таможенного регулирования заключается в создании благоприятных условий для развития отечественного производства и внутреннего рынка. Таможенное регулирование призвано защитить национальную экономику от неблагоприятного воздействия иностранной конкуренции. Меры по защите российской экономики от неблагоприятного воздействия внешних факторов служат обеспечению экономической безопасности России, под которой понимается состояние экономики, гарантирующее достаточный уровень социального, политического и оборонного существования и прогрессивного развития Российской Федерации, неуязвимость и независимость ее экономических интересов по отношению к возможным внешним и внутренним угрозам и воздействиям. С помощью таможенного регулирования решается задача по рационализации товарной структуры российского импорта. Таможенное регулирование используется для поддержания рационального соотношения вывоза и ввоза товаров. Таможенным регулированием обеспечивается защита прав и свобод человека и общественных интересов, защита общественного порядка, нравственности населения, жизни и здоровья человека, животных и растений, охраны окружающей среды, защита художественного, исторического и археологического достояния народов Российской Федерации и зарубежных стран, защита права собственности, в том числе на объекты интеллектуальной собственности, защита интересов российских потребителей ввозимых товаров.
Таможенное регулирование выполняет фискальную функцию. Таможенные платежи (таможенные пошлины, НДС, акцизы, таможенные сборы и др.) являются одним из источников формирования доходов федерального бюджета.
Таможенное дело представляет собой совокупность методов и средств обеспечения соблюдения мер таможенно-тарифного регулирования и запретов и ограничений, установленных в соответствии с законодательством РФ о государственном регулировании внешнеторговой деятельности, связанных с перемещением товаров и транспортных средств через таможенную границу.
Общее руководство таможенным делом осуществляет Правительство РФ.