Своеобразно в настоящее время решен вопрос о регулировании правоотношений между следователем и прокурором в случае принятия последним при рассмотрении уголовного дела, поступившего от следователя с обвинительным заключением, решения о возвращении дела следователю для производства дополнительного следствия (п. 2 ч. 1 ст. 221 УПК). При несогласии с таким решением следователь с согласия руководителя следственного органа вправе обжаловать его вышестоящему прокурору а далее аналогичным образом – Генеральному прокурору РФ с согласия председателя Судебного комитета при прокуратуре РФ либо иного руководителя следственного органа соответствующего уровня.
Существенны полномочия следователя по даче поручений органу дознания в связи с расследованием уголовного дела. Во-первых, в п. 4 ч. 2 ст. 38 УПК подчеркнута обязанность исполнения органами дознания полученных от следователя поручений. Во-вторых, имеющим юридическую силу является только поручение, данное в письменной форме. В-третьих, УПК подтверждает положение о праве следователя дать поручение органу дознания о проведении оперативно-розыскных мероприятий, производстве отдельных следственных действий, об исполнении постановлений о задержании, приводе, об аресте, о производстве иных процессуальных действий, а также получать содействие при их осуществлении. Однако следователь не вправе возлагать на органы дознания производство действий, которые, согласно закону, он должен проводить сам (привлечение лица в качестве обвиняемого, его допрос, назначение экспертизы и т.д.).
Руководитель следственного органа. Полномочия руководителя следственного органа, как субъекта уголовно-процессуальных отношений, согласно ст. 39 УПК осуществляют Председатель Следственного комитета при прокуратуре РФ, руководитель Главного следственного управления Следственного комитета при прокуратуре РФ, руководители следственных управлений Следственного комитета по субъектам РФ, соответствующих отделов Следственного комитета при прокуратуре РФ по районам, городам, их заместители, руководители соответствующих федеральных органов исполнительной власти (при органах исполнительной власти), их территориальных органов и их заместители. Кроме того, полномочия руководителя следственного органа осуществляют иные руководители следственных органов и их заместители, объем процессуальных полномочий которых устанавливает Председатель Следственного комитета при прокуратуре РФ и руководители следственных органов соответствующих федеральных органов исполнительной власти или при органах исполнительной власти (см. ч. 5 ст. 39 УПК (в ред. от 03.12.2007)).