В Шувалове соединялись и религиозное воспитание русского человека, и потребности современного образования. Он не только сам любил науку и искусство, с коими ознакомился за границей, но и хотел насадить их в отечестве. И в этом устремлении сблизился Шувалов с Ломоносовым. В начале лета 1749 г. сообщил тому о решении учредить в Москве университет.
Шуваловов и Ломоносов обсуждают проект, спорят. Ломоносов „хотел удержать вполне образец Лейденского с несовместными вольностями”. Шувалову иностранные образцы казались неприменимыми к русской жизни.
„Не мало споров возбудил также вопрос о том, где, в каком месте Москвы быть зданию Университета. Явилось предположение расположить его в самом конце города, близ Земляного вала, у Красных ворот…, ему противополагалось другое, что Красные ворота слишком далеки от наиболее заселенной части города, и что Университет непременно должен быть по возможности ближе к самому ядру города. Это последнее мнение восторжествовало”.
19 июля 1749 Сенатом утверждено „Доношение об учреждении в Москве университета и двух гимназий”, представленное И. И. Шуваловым, с приложением Проекта об учреждении Московского университета. Проект передан на подпись императрице Елизавете Петровне.
В будущем указе о создании университета Шувалов назван „изобретателем того полезного дела”. До самой кончины своей, последовавшей 14-го ноября 1797 года, Шувалов постоянно носил звание Куратора университета. Он пригласил для преподавания первых иностранных ученых – Шадена из Тюбингена и Фроманна из Штутгарта. „Речи Профессорам назначались по его приказанию. Тезисы для студенческих диспутов просматривал и утверждал он. На содержание недостаточных бедных Студентов он послал к покойному Директору Аргамакову тысячу рублей…”
Если бы на проекте не было подписи Елизаветы, то не было бы и университета. Новая 32-летняя правительница, дочь Петра I и Екатерины I Алексеевны, взошла на престол 25 ноября 1741. Она отменила смертную казнь, издала указы о строительстве инвалидных домов и богаделен и при этом жестоко подавляла крестьянские восстания. На смену немецким фаворитам при дворе появились русские и украинские дворяне, заинтересованные в делах отчизны.
В отличие от своего отца, Елизавета благоволила не только к Петербургу, но и старой столице – Москве. В ней она основала новый Университет. 8 августа 1754 г. вышел указ о передаче учреждаемому в Москве университету „Аптекарского дома” у Воскресенских ворот на Красной площади (сегодня на этом месте находится здание Государственного Исторического музея). Неготовность помещения к приему учащихся в текущем году, однако, послужила причиной задержки с официальным утверждением указа об открытии Московского университета.