Основными причинами спада производства сельскохозяйственной продукции, сокращения посевных площадей, поголовья скота и других отрицательных явлений послужили: неустойчивость производственно-хозяйственных связей, инфляция, удорожание кредитных ресурсов, сокращение государственного финансирования, снижение покупательной способности потребителей сельскохозяйственной продукции, рост неплатежей между предприятиями и диспаритет цен на промышленную и сельскохозяйственную продукцию, неконкурентоспособность продукции АПК России на мировом рынке, недостаточное законодательное обеспечение.
Опыт большинства развитых стран мира убедительно показывает, что устойчивое развитие сельского хозяйства невозможно без мощной государственной поддержки. Она может быть в виде прямых субсидий товаропроизводителям или в виде косвенной помощи путем введения благоприятного режима налогообложения, снижения тарифов на потребляемые ресурсы, льготного кредитования и комплекса иных мероприятий. В результате финансирования АПК России по остаточному принципу его доля в федеральном бюджете неуклонно снижается. В 1991 г. – 9 %, а в 1998 г. – 1,4 %. Эксперты считают, что в настоящее время общая сумма бюджетных ассигнований в расчете на 1 га пашни в России не превышает 40–50 долларов, в то время как в США она составляет 270 долларов, а в Финляндии – 500 дол.
Отрицательное влияние на деятельность АПК России оказало и «распыление» бюджета в годы реформирования по мелким фермерским хозяйствам. Тогда, в первые годы реформ, часто и везде, на всех уровнях говорили о необходимости поддержать фермерские хозяйства, о том, что настоящий хозяин земли русской – фермер, накормит всю Россию. Однако, несмотря на поддержку на самом высоком уровне, организованные в период демократизации фермерские хозяйства начали разоряться первыми в период денежной реформы 1997 г. и последний самый сильный удар был нанесен в 1998 г. общим дефолтом.
За прошедшие годы реформ в АПК парк сельхозтехники мало обновлялся, и в результате 75 % его составляют комбайны, отработавшие 7–8 лет, что делает своевременную и качественную уборку урожая практически невозможным. По центральному телевидению России летом, во время уборки урожая, часто показывали репортажи из сельских районов, в которых рассказывалось обо всех трудностях и проблемах агропромышленного комплекса.