Повышение плотности населения стало важнейшим фактором, появившимся в связи с развитием земледелия и оказавшим серьезное воздействие на состояние здоровья людей. Скученность – скопление относительно большого числа людей на ограниченных площадях – создавала предпосылки для распространения различных инфекционных заболеваний. Л. В. Громашевский указывает на три наиболее вероятных источника их возникновения. Первым, по-видимому, служили болезни животных предков человека. К этой категории можно отнести малярию, некоторые гельминтозы и, возможно, брюшной тиф.
Вторым источником образования инфекционных болезней человека мог послужить процесс приобретения свойств патогенных паразитов организмами, ранее не представлявшими опасность для человека. Примером этой категории инфекционных болезней является холера.
И, наконец, наиболее весомым с точки зрения приобретения человеком новых болезней является третий источник их происхождения. Дело в том, что люди, вступая в различные формы взаимодействия со многими видами животных (употребляя их в пищу, одомашнивая, использование в хозяйстве, пребывая на одной территории и т. п.), принимали на себя болезни животных, к которым сами оказались восприимчивыми. Так появились оспа человека из коровьей оспы, сыпной тиф человека из крысиного риккетсиоза, возвратный тиф из клещевого спирохетоза грызунов и т. д.
Жизнь первобытных земледельцев и скотоводов в поселках привела как к ухудшению санитарного состояния населения, так и к увеличению антропогенного давления на природную среду. Вокруг поселений стали скапливаться отбросы, нечистоты, происходило загрязнение почвы и водоемов, что, в свою очередь, способствовало распространению возбудителей инфекций. Хранилища зерна и свалки отходов привлекали к себе диких животных, которые являлись переносчиками возбудителей многих опасных инфекций. В результате в условиях этих поселений многие возбудители инфекционных заболеваний и их кровососущие переносчики с легкостью передавались от диких животных домашним.
Вообще говоря, разведение сельскохозяйственных животных значительным образом отражалось и на здоровье неолитического человека, и в целом на его культуре. Употребление недостаточно термически обработанного мяса домашних животных нередко приводило к заражению людей биогельминтозами, в частности трихинеллезом. Трихинеллез протекает тяжело, лечился трудно, часто заканчивался смертью. Именно это, по мнению многих исследователей, привело впоследствии к тому, что некоторые религии (иудаизм, ислам) наложили запрет на употребление своими последователями свиного мяса, с которым связано возникновение трихинеллеза. В Африке охота и животноводство способствовали заболеванию людей тринаносомозом (сонной болезнью), переносчиком которой является паразитирующая на животных муха цеце.