В 1934 г. церковь Петра и Павла начали преображать снаружи...
... а внутри открыли винный магазин
Допрошенный следователем ГПУ, о. Иоанн отвечал первому, что на собраниях христианской молодежи он, конечно, бывал, но «не руководительствовал», на воскресной службе в Петропавловском храме действительно читал послание патриарха Тихона, не комментируя его, и вообще не касался в проповедях политических тем, кроме слов о тяжелом положении страны и о голоде. Явной вины за всем этим не усматривалось, и следователь, возможно, объяснил священнику, что по совокупности своих «прегрешений» перед советской властью он может быть лишь выслан за границу. О. Иоанн сам написал заявление с просьбой отпустить его в Ригу. За это следователь решил выпустить его из-под стражи с обязательством уехать в семидневный срок. Однако пастыря отпустили всего на два дня: другой следователь ревтрибунала, усмотрев в предъявленном священнику обвинении недосмотр коллеги, приказал снова арестовать священника и отправить в Таганскую тюрьму, где тот пробыл до осени. В октябре 1922 г. было подготовлено обвинительное заключение, где протоиерею о. Иоанну вменялось в вину зачитывание с амвона послания патриарха Тихона. Священника приговорили к 3 годам заключения, но в январе 1923 г. постановлением ВЦИК он был освобожден. В 1924 г. отец Иоанн был награжден митрой и включен в состав членов Высшего церковного совета при святейшем патриархе Тихоне. Протоиерей Артоболевский даже вернулся в Петропавловский храм и служил в нем вплоть до его закрытия в 1927 г., а затем был назначен настоятелем Введенского храма в старинном московском уголке Черкизово. В январе 1933 года о. Иоанн был снова арестован вместе с другими пастырями по обвинению в беседах на религиозные темы и «антисоветской пропаганде». После трехлетней ссылки он вернулся в Москву, но в январе 1938 г. был опять арестован, на этот раз по поводу «академического дня». Этот повод имел отношение не к Петровской, а к Московской духовной академии, в которой учился отец Иоанн и которая была давно уже закрыта властями. Ее выпускники приходили на молитвенные собрания, вспоминая о своем пребывании в стенах «у Троицы». По все тому же характерному обвинению в «контрреволюционной агитации» о. Иоанна приговорили к смертной казни. Он был расстрелян 14 февраля 1938 г. и похоронен в общей могиле на полигоне в Бутово. На Соборе Русской Православной Церкви в августе 2000 г. протоиерей Артоболевский был канонизирован как священномученик. Сын последнего настоятеля Петропавловского храма Иван Иванович Артоболевский стал советским академиком, крупнейшим специалистом по теории машин и механизмов.